По сути, комендантское управление сохранило без изменений ханскую административно-судебную систему, лишь заменив ханов комендантами из числа русских офицеров. Внутренняя же администрация и суды провинций, а также магальные управления, как уже было отмечено, назначались из представителей местного населения. Под жестким контролем царской администрации продолжали функционировать и шариатские суды. Комендантская система управления имела адаптивный характер, поскольку рассматривалась в качестве временного звена на пути полного перехода азербайджанских провинций к общеимперской системе управления.
Многие царские чиновники опасались, что данная система, имея «характер временного и как бы оккупационного правления в чужих землях» 58, может породить у местного населения «сомнения относительно прочности позиций России в регионе».59 Эти настроения, а также крупные антиколониальные восстания в Джаро-Балакене, Талыше, Губе и Шеки в 30-х гг. XIX века, подтолкнули представителей царской администрации к активному поиску путей форсированной инкорпорации региона в административно-правовое пространство России.
И в начале 1840 года император Николай I в своем «Высочайшем повелении» генералу Головину высказался за внедрение на Южном Кавказе «твердого гражданского управления, основанного на общих началах управления внутренних губерний», чтобы население региона почувствовало свою «принадлежность к составу обширного царства русских».60 А 10 апреля 1840 года российским императором окончательно был утвержден закон об административных преобразованиях на Южном Кавказе.
На основании этого закона, вступившего в силу с 1 января 1841 года, на территории Южного Кавказа были созданы две административные единицы: Грузино-Имеретинская губерния с центром в Тифлисе и Каспийская область, обладающая «особым военно-окружным управлением» с центром в Шемахе.61 Причем, северо-азербайджанские земли оказались в составе как Каспийской области, так и Грузино-Имеретинской губернии. В частности, Ширванская, Карабахская, Шекинская, Талышская, Бакинская, Дербентская и Губинская провинции вошли в состав Каспийской области. А Елизаветпольский (Гянджинский) округ