Под давлением оказалось и азербайджанское население НКАО. По информации КГБ Азербайджанской ССР, осенью 1988 года из Степанакертского, Аскеранского, Мартунинского и Гадрутского районов в Шушу, Ходжалы, Агдам и другие районы прибыли 3,069 человек, или 569 семей беженцев-азербайджанцев. Тем самым азербайджанцы были изгнаны и из армянских населённых пунктов в самой НКАО. С осени 1988 года азербайджанцы уже не могли приезжать в Степанакерт и районные центры Мардакерт, Гадрут, Мартуни и Аскеран, без того чтобы не подвергнуть свою жизнь риску. Даже ответственные работники партии и правительства Азербайджанской ССР перестали приезжать в Степанакерт, т. к. местная милиция отказывалась обеспечивать их безопасность. Были нарушены коммуникации между азербайджанскими сёлами в НКАО. Многие населённые пункты с компактным проживанием азербайджанцев оказались в блокаде. Фактически область вышла из-под контроля властей Азербайджанской ССР.
12 января 1989 г., несмотря на протесты руководства Азербайджанской ССР, по решению советского правительства в НКАО – случай беспрецедентный в истории СССР – было введено прямое управление с образованием т. н. Комитета особого управления (КОУ) Нагорно-Карабахской автономной областью под председательством Аркадия Вольского, заведующего отделом ЦК КПСС. Были приостановлены полномочия областных партийных и государственных органов, ограничены конституционные права граждан. Приступая к исполнению своих обязанностей в Степанакерте, Аркадий Вольский открыто заявлял, что его основной задачей является укрепление связей между Армянской ССР и НКАО. Как вспоминает один из лидеров т. н. карабахского движения и бывший президент Армении Р. Кочарян, на встрече представителями армянской общины НКАО А. Вольский сказал: «Чтобы у вас не осталось никаких противоречий с Азербайджаном, надо на практике вывести Карабах из его подчинения. Вот мы потихонечку, не спеша, всё это и сделаем: переориентируем все предприятия на Москву, переподчиним их напрямую московским министерствам и фактически получим именно то, что вам и нужно!»8 Фактически за время руководства КОУ во главе с А. Вольским область была выведена из подчинения Азербайджанской ССР, множество промышленных предприятий НКАО были переподчинены профильным предприятиям Армянской ССР или союзным.
Руководству Азербайджанской ССР во главе с первым секретарём ЦК КП Азербайджанской ССР Абдул-Рахманом Везировым после многочисленных требований и огромных усилий удалось добиться роспуска КОУ. 28 ноября 1989 года Верховный Совет СССР принял постановление об упразднении Комитета особого управления Нагорно-Карабахской автономной областью и о создании Республиканского оргкомитета по НКАО. Указом президиума Верховного Совета Азербайджанской ССР от 6 декабря 1989 г. был сформирован Республиканский оргкомитет по НКАО Азербайджанской ССР. В состав Республиканского оргкомитета по НКАО Азербайджанской