Для назначения командиров территориальных батальонов самообороны приказом МО был определён очень сложный механизм: кандидаты на должности командиров батальона и их заместителей отбираются военными комиссариатами, предлагаются главами исполнительных властей районов, которые уже представляют их в МО для назначения на должности. Командиры территориальных батальонов самообороны одновременно являлись заместителями главы исполнительной власти района по военным вопросам. Таким образом у командиров территориальных батальонов самообороны получалось двойное подчинение: и Министерству обороны, и главе исполнительной власти района. Это создавало объективные сложности в управлении этими подразделениями.
Согласно приказу МО, командиры территориальных батальонов должны были организовать заставы на приграничной территории, создать систему связи между приграничными сёлами и городами и сообщать об обстановке в МО. Батальоны самообороны должны были организовать оборону важных объектов и населённых пунктов. Командиры батальонов должны были организовать роты и учебно-тренировочный процесс личного состава. Об обстановке надо было докладывать в МО два раза в день: в 9:00 и в 21:00. В докладах об обстановке должно было быть указано:
• обстановка на территории района;
• статус выполнения инженерных и фортификационных работ;
• состояние дисциплины среди личного состава;
• планирование работ по боевой подготовке;
• комплектование батальонов и их техническое оснащение.
При обострении военно-политической обстановки в районе об этом нужно было делать незамедлительные доклады в МО. Исполнение приказа об организации территориальных сил самообороны было возложено на первого заместителя командующего Силами национальной самообороны.
Хоть приказ о создании территориальных сил самообороны был подписан 19.11.1991, фактически создание сил самообороны шло с сентября 1991 г. Так, ещё в сентябре 1991 г. в Агдамском районе был создан отряд территориальной самообороны под командованием полковника-лейтенанта Ширина Мирзоева. Данный отряд размещался в ПТУ № 50. В конце сентября этот отряд был размещён в с. Алимадатлы Агдамского района. На момент размещения отряда в с. Алимадатлы у него на вооружении было всего 9 автоматов80.
Формирование сил территориальной самообороны шло и в других районах. На начальном этапе эти силы формировались на базе отрядов самообороны, созданных местным населением. В тех районах, где руководство района, руководство органов внутренних дел и местные богатые люди оказывали помощь формируемым силам территориальной самообороны, удавалось добиться значительных успехов в их организации.
Например, в Геранбойском районе местные отряды, работавшие в тесном контакте