После совершенствования знаний в Ленинграде, в учебном отряде, в числе лучших офицеров Гаджиева направили на Дальний Восток, в Тихоокеанский флот. И вскоре подводная лодка Магомеда Гаджиева стала одной из лучших в соединении по боевой подготовке. Затем с группой тихоокеанских моряков его направили на ответственное спецзадание. За безупречное его выполнение М. Гаджиев был награжден орденом Ленина (1936 г.). Он стал первым дагестанцем, получившим эту высокую награду.
В 1939 г. Магомеда как лучшего подводника направили в Ленинград, в Военно-Морскую академию им. К. Е. Ворошилова. В 1940 г. он уже командир дивизиона больших крейсерских подводных лодок на Северном флоте. Здесь он и встретил начавшуюся войну с белофиннами, а затем огненные испытания Великой Отечественной войны, когда во всей полноте проявились накапливаемое им годами безупречное мастерство подводного плавания, ведения морских сражений, решения военных задач нестандартными методами, воля и холодный расчет.
О подвигах капитана II ранга Магомеда Гаджиева в дни войны, его умении бить врага в любых условиях сурового Баренцева моря знали на всех флотах Советского Союза, рассказывала центральная и фронтовая печать. «Воевать нужно с ясным, холодным умом и горячим сердцем – это правило Гаджиева, – писала газета «Краснофлотец». – Атаки Гаджиева умны и талантливы. Они поражают своей юношеской дерзостью и в то же время точностью мастерства, какое приходит только со зрелостью. Блестящее искусство Гаджиева отточено многими годами опыта. Он плавал на подводных лодках всех типов. Он прошел через тайфуны Тихого океана, норд-осты Черного моря, трудные шхеры Балтики, грозные штормы Полярного моря».
Гаджиеву, прекрасно знавшему Североморский театр военных действий, исходившему все Баренцево море, удавались самые рискованные операции – проникнуть незамеченным в фиорд, тщательно охраняемый береговой артиллерией, где прятались, выжидая удобный момент, вражеские корабли и сторожевые охотники. А там неожиданно, под носом у противника, нанести ему ощутимый торпедный удар.
Вот только несколько эпизодов из небольшого отрезка времени боевых действий командира первого дивизиона подводных лодок, отмеченных в наградном листе: 10 сентября под личным руководством Гаджиева подводной лодкой «К-2» отлично проведена операция по постановке активного минного заграждения у базы и под батареями противника. 12 сентября под командованием Гаджиева подводная лодка «К-2» артиллерийским огнем потопила пассажирский экспресс водоизмещением 6–7 тыс. тонн у самого берега противника. 29 октября под командованием Гаджиева подводная лодка «К-2» в особо сложных навигационных условиях отлично выполнила операцию по постановке активного минного заграждения непосредственно у базы противника… Только за 11 месяцев войны дивизион подводных