В 1896 году Сергей Зубатов в тридцать три года был назначен начальником Московского охранного отделения и это было очень большое повышение в очень молодом возрасте. Зубатов сблизился с новым обер-полицмейстером Москвы Дмитрием Треповым, сыном того самого губернатора Петербурга, в которого стреляла Вера Засулич. Трепов познакомил Зубатова с всесильным генерал-губернатором Москвы, дядей Николая II Сергеем Александровичем, к тому же женатым на сестре императрицы. Сергей Зубатов рассказывал начальникам о своей тотальной вербовки провокаторов из среды революционеров, о разложении либерально-демократической оппозиции, о своих монархических идеях. Один из его офицеров, знаменитый в будущем командир личной охраны императора Александр Спиридович писал: «Зубатов смог поставить внутреннюю агентуру на редкую высоту. Осведомленность отделения была изумительны. Его имя сделалось нарицательным и ненавистным в революционных кругах. Москву считали гнездом провокации и заниматься в ней революционным делом считалось безнадежным».
Зубатов поставил на учет в Москве триста тысяч оппозиционеров, инакомыслящих, революционеров, заведя на каждого карточку, желтые – для студентов, белые – у либералов, зеленые – у анархистов, розовые у эсеров, синие – у социал-демократов. Офицеры Московского охранного отделения накопили обширные материалы об оппозиции, их деятельности, приемах и методах борьбы, стали великолепными профессионалами и работали не только в Москве, но и по всей империи. Зубатов повел успешную и ожесточенную борьбу со всеми революционными проявлениями в монархии, блокируя рост студенческого движения, контролируя объединение разбогатевших крестьян и городских предпринимателей, создание партии социалистов-революционеров. Провокация, как метод разведки и наблюдения в среде оппозиции, применялась в самых широких размерах. Изобретательность и новаторство статского советника Зубатова в развитии имперского политического сыска были поразительны. Зубатов, никогда не имевший офицерского звания, был прекрасно начитан, хорошо знал историю, интересовался проблемами социализма. Он был убежденным монархистом и считал, что царская власть дала России величие, прогресс и цивилизацию и являлась единственно подходящей ей формой правления: «Без