Были установлены известные гарантии в отношении привлечения к ответственности чиновников военно-судебного ведомства, так как действовал особый порядок привлечения их к дисциплинарной или судебной ответственности.
Непосредственным органом военно-судебного управления являлось Главное военно-судное управление Военного министерства, которое впервые было организовано в марте 1867 г. на базе бывшего аудиторского управления военного ведомства. Круг обязанностей Главного военно-судного управления в целом и его подразделений был определен в «Положении о военном министерстве», утвержденном 1 января 1869 г.283
На военное министерство возлагалось: «поддержание в войсках нравственности и дисциплины и преследование проступков и преступлений, а также усовершенствование военного законодательства». Непосредственное выполнение этих обязанностей возлагалось, в том числе, на Главное военно-судное управление (административный орган) и Главный военный суд (орган правосудия), которые входили в качестве составных частей в военное министерство.
С 1879 г. Главный военный суд был отстранен от рассмотрения кассационных жалоб и протестов по делам о государственных преступлениях. Указом от 8 марта 1879 г.284 генерал-губернаторам было предоставлено право дела такого рода, поступившие с кассационными протестами или жалобами, решать по своему усмотрению. Генерал-губернатор мог направить дело в Главный военный суд, либо учредить на месте особое кассационное присутствие (в месте нахождения военно-окружного суда), которому и поручить рассмотрение дела в кассационном порядке, либо сам утверждал приговор суда по данному делу.
В последующем функции Главного военного суда, наряду с губернаторами, передавались Верховной распорядительной комиссии, а с 6 августа 1880 г. – министру внутренних дел.285
Указом от 1 мая 1906 года286 был изменен порядок ответственности за преступления по службе высших чинов военного управления, применительно к порядку ответственности, установленному для высших должностных лиц государственного управления, с тем лишь отличием, что функции первого департамента Государственного Совета возлагались на частное присутствие военного совета (с участием старшего из наличных членов Главного военного суда), а функции Верховного уголовного суда – на вновь образованный Верховный военно-уголовный суд.
Этот суд состоял из 5 членов военного совета, избираемых императором на один год из числа председателя и постоянных членов Главного военного суда и двух главных начальников военных округов или командиров корпусов по высочайшему избранию. Председателем суда являлся старший из его членов;