В первых постановлениях об учреждении Верховного уголовного суда, порядок судопроизводства в нем прописан не был, как не был установлен и его точный состав. В состав Верховного уголовного суда всегда входили Сенат и Синод, с присоединением к ним персон первых трех или пяти классов, президентов коллегий, а с 1826 г. – членов Государственного Совета. Предварительное следствие производили специально назначенные лица или комиссии. В процессе судопроизводства членами назначенных особых судов проверялись данные предварительного следствия, их достоверность. Приговор утверждался простым большинством голосов. При этом письменные доводы «за» или «против», характерные для эпохи Петра I, не учитывались. Все приговоры Верховного уголовного суда подлежали обязательному согласованию с верховной властью. Ею же издавался высочайший указ, в котором прописывалось и смягчение – «пощада, даруемая осужденным»236.
С 1864 г. компетенция Верховного уголовного суда определялась следующим образом: 1) государственные преступления, когда по случаю обнаруженного в разных краях государства общего заговора против верховной власти или против установленного законом образа правления или порядка наследия престола последует высочайший указ о рассмотрении дела в Верховном уголовном суде; 2) преступления по должности, когда в них обвиняются члены Государственного Совета, министры и главнокомандующие отдельными частями237.
При производстве дел в Верховном уголовном суде предусматривалось соблюдение общего порядка уголовного судопроизводства, но с соблюдением правил, установленных специально для него. Так, Верховный уголовный суд не был постоянно действующим судебным органом, а создавался для рассмотрения дел о государственных преступлениях и о «противозаконных сообществах», предусмотренных в ст. 318—324 Уложения о наказаниях, и только по высочайшему повелению. В законе уже был четко прописан круг лиц, составлявших Особое присутствие правительствующего Сената – Верховный уголовный суд: первоприсутствующий (то есть председатель Государственного Совета), председатели департаментов Государственного Совета, первоприсутствующие в кассационных департаментах Правительствующего сената и пять сенаторов, назначаемых императором в порядке, определенном статьями 13 и 14 Учреждения Сената. Кроме того, в состав суда должны были входить и сословные представители, если за преступление «определено в законе наказание, сопряженное с лишением или ограничением прав состояния»238.
Предварительное следствие по государственным преступлениям, подведомственным Верховному уголовному суду, производилось одним из сенаторов кассационных департаментов Сената, на основании «высочайшего повеления».