С этого времени высшим органом суда и надзора за исполнением законов становится Сенат. Несмотря на его разделение на департаменты со строго определенной компетенцией, в Манифесте 1763 г. было указано, что такое разделение и функции департаментов не являются постоянными, а могут быть в дальнейшем изменены104.
Так и произошло уже в январе 1764 г.: следственные дела, которые по Манифесту являлись компетенцией второго департамента, теперь стали распределяться по всем санкт-петербургским отделениям Сената: «По расписанию Сената в департаменты, определили Мы, во втором быть всем следственным делам; но как по течению дел Мы видим, что в оном департаменте и окромя следственных дел весьма довольно, то мы высочайше повелеваем, всяким следственным делам быть в прочих петербургских департаментах Сената, что по существу дел, до которого департамента принадлежать будет»105. Через некоторое время это правило было распространено и на московские департаменты. По указу 1765 г. итоги предварительного следствия рассматривались только в тех департаментах, которые их назначали106. Таким образом, с этого времени весь Сенат, как в целом, так и в частях «облекся уголовно-судебной властью»107.
В 1766 г. апелляционной инстанцией стали, кроме второго департамента, третий и четвертый. Расширив круг апелляционного производства, законодатель, вместе с тем, оставил производство следственных дел в ведении всех департаментов. В императорском указе было, в частности, указано: «а как при разделении Сената на департаменты единственно намерение Наше было челобитчиков избавить от разорительной для них волокиты и доставить каждому скорейшее решение, то и не могли остановить, чтобы упомянутое неудобство не исправить следующим учреждением: апелляционные и прочие дела, по материям 3 и 4 департаментов решить впредь в тех департаментах, во втором же остаются апелляционные дела, исключая по сему назначенные в 3 и 4 департамент»108.
По указу от 13 февраля 1764 г. апелляционные дела, поступавшие из Лифляндии, Эстляндии и Малороссии, передавались в ведение второго департамента109. Фактически, за исключением первого департамента, которому принадлежали чисто административные функции, все департаменты Сената стали обладать высшей судебной властью.
Расширяя круг апелляционного производства по департаментам, Екатерина II особо оговаривала, что производство следствий по-прежнему оставалось в ведении всех департаментов, как это и было предписано предшествующими указами. Этим судебная функция Сената была еще больше усилена, так как назначение следствий зависело практически только от его усмотрения