Особых богатств в Египте не было найдено. Ограбив местное население, казнив десятки тысяч пленных турок, мамелюков да и просто ни к чему не причастных мирных египтян, имуществом которых хотелось завладеть, Бонапарт, по сути, не знал, что ему делать дальше. Можно было предполагать, что он так и сгинет в Египте вместе со своими генералами, а его армия, разложившаяся и деморализованная чумой, свирепствовавшей среди французов со времен взятия Яффы, примет ислам и смешается с египтянами. Однако Наполеон Бонапарт, по-видимому, решил отделить свою судьбу от злосчастной доли своих солдат.
Бросив соотечественников, которых сам же и вовлек в авантюру, оставив задним числом командование Клеберу, Бонапарт совершил довольно низкий поступок: на одном из немногих уцелевших кораблей он под покровом ночи сбежал из Египта. Храбрец Клебер, обнаружив, что главнокомандующий исчез, оставив его расхлебывать все ужасающие последствия этого военного похода, был в ярости… Но его ярость уже не могла задержать Бонапарта, который скользил по волнам Средиземноморья по направлению к Франции. Путешествие заняло полтора месяца, потому что генерал, опасаясь англичан, разрешал двигаться только ночью. Днем судно стояло, опустив паруса и прикидываясь рыболовецким. Генерал в кают-компании без конца играл в вист со своими офицерами, и только испарина, выступавшая время от времени на его лбу, выдавала его волнение.
Бонапарту повезло. Англичане его не заметили. Он беспрепятственно высадился 9 октября 1799 года в Сен-Рафаэле близ Фрежюса. В официальных сообщениях говорилось, что генерал и его спутники находят состояние брошенной ими в Египте армии «вполне удовлетворительным».
Будь во Франции приличная власть, поступок Бонапарта был бы справедливо расценен как дезертирство, а сам генерал отдан под суд за то, что оставил армию без разрешения правительства. Возможно, вначале он и сам опасался такого поворота дела. Однако Франции было не до этого. Очень скоро генерал убедился, что моральные тонкости его возвращения абсолютно никого не занимают – Директория так всем надоела, что все только и судачат о том, кто же даст ей пинка под зад. Эта правящая клика довела страну до такого позорного положения, что французы готовы были закрыть глаза на что угодно, лишь бы воцарился порядок.
Солдатам не платили жалованья и они разбегались из армии. Казна была пуста. Воры и казнокрады всех мастей закатывали балы в Париже, выставляя напоказ свое богатство и дразня тем самым благонамеренных обывателей. Никто не гнушался запускать руку в государственные финансы, а среди офицеров господствовало мнение: дескать, мы храбрецы, набьем же карманы во время завоевательных войн, а с кредиторами пусть