На дне озера периодически обнаруживают множественные остатки жилых строений, погребения человека, предметы быта и орудия труда. Из-под воды медленно поднимаются остатки каменной кладки, элементы водосточных труб, останки домашних животных.
Руины средневековых стен под водой Иссык-Куля в районе речки Кой-су в XIX в. изучали русские ученые Г. А. Колпаковский и В. В. Бартольд. Развалины служили объектом для исследований П. П. Иванова из Академии наук Киргизии, который в первой половине XX в. приезжал в село Курское. Он исследовал дно водоема, надеясь определить местонахождение острова, существовавшего во времена Тамерлана и предположительно затонувшего. Местные жители поведали ученому о подводных остатках древних сооружений.
Также он писал о том, как в районе села со дна извлекли элемент водопроводной трубы, изготовленной из красной обожженной глины, а в 200 м от берега на глубине нескольких метров находилось каменное купольное сооружение, рядом с которым стояли каменные конусы неизвестного назначения.
По словам ученого, падение уровня воды в течение нескольких лет обнажало остров, на поверхности которого нашли много черепков глиняной посуды, останки домашнего скота, древние монеты, остатки очагов и каменной кладки. На дне озера также были обнаружены постройки из обожженного кирпича невыясненного назначения. Стены не замыкали пространство, а шли параллельно друг другу на одинаковом расстоянии и скрывались под водой на глубине. Неизвестно, когда их возвели и каким образом они очутились на дне водоема.
Существуют разные версии. Так, выдающийся российский востоковед и историк В. В. Бартольд предполагал, что найденные развалины могут быть остатками древней крепости, упоминаемой арабскими авторами Ибн-Арабшахом в XV в. и Мухаммед – Хайдаром в XVI в. Они утверждали, что на севере Иссык-Куля находится большой остров со множественными укреплениями и жилыми постройками. По некоторым сведениям, на острове в XIV в. монголотатарский завоеватель Тимур мог держать пленных или использовать его как пристанище. Возможно, сооружения на озере использовали до первой половины XVIII в., пока на короткое время здесь не установилось китайское владычество.
Впрочем, все это лишь продолжение истории, начавшейся