В январе 1947 г., вскоре после преобразования Московского православного богословского института в духовную академию, протоиерей Димитрий Боголюбов получил утверждение в звании профессора кафедры «Истории и обличения раскола и сектантства». На своем посту он пребывал вплоть до ухода на покой в 1951 г.[12] В возрожденной Ленинградской духовной академии (ЛДА) курс «Истории и обличения раскола и сектантства» читал профессор С.А. Купрессов, имевший опыт преподавания названной учебной дисциплины в дореволюционной Санкт-Петербургской (Петроградской) духовной семинарии. В 1949–1956 гг. доцентом (затем профессором) кафедры расколоведения ЛДА, а в 1956–1960 гг. профессором аналогичной кафедры в МДА являлся протоиерей Иоанн Козлов[13].
Помимо стационарных богословско-пастырских курсов, ориентированных на относительно продолжительное преподавание основных дисциплин дореволюционного курса духовных семинарий, расколоведческая проблематика находила отражение в учебных программах некоторых краткосрочных епархиальных курсов, рассчитанных на сообщение слушателям элементарных знаний о православном вероучении, церковной истории и литургической практике. Например, обучение на богословских курсах Орловско-Брянской епархии, действовавших в августе-сентябре 1947 г., предполагало изучение «Расколоведения» и «Сектоведения» как отдельных дисциплин[14].
Резолюцией Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия I от 5 ноября 1955 г. утверждались новые учебные планы для духовных учебных заведений, в которых расколоведение приобретало наименование «Разбор учения русского раскола и сектантства». Придерживаясь прежнего взгляда на целесообразность разделения расколоведческой и сектоведческой проблематики, педагогический совет Минской духовной семинарии выделил в качестве самостоятельных учебных дисциплин «Разбор учения русского раскола» и «Разбор учения русского сектантства»