Знакомство читателей с первыми томами Комментариев на Бытие породило обвинения в адрес их автора в отрицании историчности Писаний. Ориген счел необходимым приостановить работу над Бытием и более подробно изложить систему своих воззрений в трактате О Началах (229–230). Если первые три книги трактата посвящены общим положениям, среди которых особо выделяется тема допустимости свободного исследования вопросов, которые не имеют однозначного выражения в Писании (Ориген перечисляет все инкриминируемые ему вопросы: о моменте возникновения души, о судьбе демонов, о будущем веке), то четвертая книга полностью посвящена принципам толкования Св. Писания. Какие-то из излагаемых им суждений Ориген считает весьма близкими к истине, другие – не более чем гипотезами.
Молва об учености Оригена стремительно росла и выходила за пределы Египта. Сначала правитель провинции Аравия обратился с письмами к префекту Египта и епископу Александрии с просьбой отпустить к нему на некоторое время Оригена. Это путешествие произошло после 225 г. Затем в 229–230 гг., после пресвитерской хиротонии Иракла, Ориген по следам Климента посещает Палестину, где встречает весьма теплый прием со стороны епископов – Иерусалимского Александра и Кесарийского Феоктиста: ему, еще мирянину, было дозволено проповедовать в их присутствии. Зимой 231–232 гг. Ориген получает приглашение Юлии Маммеи, матери императора Александра Севера, в Антиохию, где он держал спор о христианской вере и где ему были оказаны большие почести.
Все это – и своеобразие мысли Оригена, и его широкая известность – легло в основу настоящего преследования богослова в его родном городе и подтолкнуло его к мысли навсегда покинуть его. В Александрии он успевает надиктовать еще несколько томов Комментариев на Бытие и по просьбе Амвросия начинает Комментарии на Евангелие от Иоанна, направленные против толкований на эту книгу гностика Ираклеона. Но весной 232 г. Ориген, взяв с собой экземпляры своих сочинений, отправился через Палестину в Афины, где надеялся найти для себя новую, подходящую по уровню философской подготовки аудиторию.