В информационной записке генерального прокурора СССР Н.С. Трубина по этому поводу позднее говорилось: «Преодолевая оказанное вооруженное сопротивление и отражая угрожавшие их жизни нападения, военнослужащие были вынуждены отбиваться прикладами автоматов и производить предупредительную стрельбу вверх холостыми патронами. Были также произведены 13 выстрелов вверх холостыми (вышибными) зарядами из танковых пушек».
Потери были и среди местного населения: погибло около десятка жителей Вильнюса, более сотни получили ранения. Все обстоятельства их гибели неясны до сих пор. В 1997 году бывший министр охраны края А. Буткявичюс в беседе с английскими журналистами рассказал, что в январе 1991 года в толпу, окружавшую телебашню, стреляли его боевики. Это же говорил и один из создателей «Саюдиса» литовский писатель В. Петкявичюс, не скрывавший, что Буткявичюс привез из Лаздияя 18 «пограничников» из департамента охраны края и, переодев их в гражданскую одежду, разместил на телебашне. «Они оттуда и стреляли», – утверждал он.
Казалось, операция союзного Центра завершится в Вильнюсе успешно. Аналогичные шаги планировались и в других столицах прибалтийских республик. Но генерал Ачалов неожиданно отказался от ее дальнейшего проведения. Полагают, что соответствующее указание он получил из Москвы. Здания Верховного Совета и правительства республики остались под контролем сепаратистов, что обесценило все предшествующие успехи. Утрачивался смысл в создании комитета национального спасения, к которому должна была перейти вся полнота власти в республике. Не последовало и решения о введении президентского правления в Литовской ССР. Армия в очередной раз предстала в глазах советского населения репрессивным инструментом, используемым союзным Центром во внутриполитической борьбе.
Прискорбнее всего, что ни президент СССР, ни министры обороны и внутренних дел не решились взять на себя ответственность за произошедшее в Вильнюсе. Это выяснилось уже 14 января, когда в перерыве между заседаниями Верховного Совета СССР М.С. Горбачев решил в беседе с журналистами представить свою версию событий. Он неожиданно для большинства представителей руководства союзного государства призвал к диалогу как единственному способу разрешения возникшего в Литве конфликта. Объясняя политику последних месяцев в отношении Литвы, президент сказал, что всегда стремился политическими методами «вернуть процесс в конституционное русло», несмотря на то, что «на него оказывалось огромное давление, в том числе и в Верховном Совете».
Глава союзного государства утверждал, что «не хотел вводить президентское правление и все, что с ним связано, и решил ограничиться хоть и строгим, но всего лишь предупреждением Верховному Совету Литвы». Словно он и не подписывал за четыре дня до этого обращения в Верховному Совету республики, в котором шла речь о возможности