17 июня 1941 года Берия вызвал Судоплатова и отдал приказ о создании Особой группы на базе внешней разведки для проведения диверсий в тылу у наступающих войск противника. Заместителем Судоплатова был назначен Эйтингон. Кроме того, Судоплатов обратился к Берия с предложением вернуть из мест заключения и вынужденной отставки чекистов, имеющих опыт диверсионной и партизанской работы, таких как Серебрянский, Медведев, Мордвинов и другие. Начиная с 26 июня на московском стадионе «Динамо» началось формирование войск Особой группы, которые 3 октября 1941 года были сведены в Отдельную мотострелковую бригаду особого назначения (ОМСБОН) – спецназ госбезопасности. 18 января 1942 года приказом НКВД СССР № 00145 Особая группа при наркоме внутренних дел Берия была преобразована в 4-е Управление НКВД СССР, которое также возглавил старший майор ГБ, с 1943 года генерал-лейтенант Судоплатов.
Уже к началу осени 1942 года в тыл врага было заброшено 58 отрядов особого назначения. Как правило, они превращались затем в крупные партизанские бригады. За время войны было сформировано 212 отрядов и групп общей численностью 7316 человек, а также более 50 одиночных исполнителей. К числу основных задач относились: сбор разведывательных данных и информации военного, экономического и социально-политического характера; разрушение стратегических железнодорожных и шоссейных магистралей и других коммуникаций в прифронтовой зоне и в глубоком тылу противника, выведение из строя важных транспортных узлов; срыв железнодорожных и автоперевозок живой силы и техники противника на фронт; разрушение мостов, станционных сооружений; всяческое препятствие вывозу в Германию советских граждан, техники и награбленной немцами национальной собственности советского народа и имущества граждан; разгром военных, жандармских и полицейских гарнизонов; вывод из строя промышленных предприятий, электростанций, средств связи.
Общие итоги боевых действий ОМСБОН поражают всякое воображение – ни одно соединение Красной Армии не имело таких успехов. Было пущено под откос 1415 вражеских эшелонов с живой силой и техникой, уничтожено 1232 паровоза, 13181 вагонов и цистерн с горючим, взорвано 335 железнодорожных и шоссейных мостов, выведено из строя 92,2 км рельсов и около 700 км телефонного кабеля. Было проведено 1084 боевых столкновения с противником, разгромлено 122 гарнизона, жандармских и полицейских управления, комендатур и штабов. В открытом бою и в результате диверсионных актов было уничтожено 136 тыс. солдат и офицеров противника. Было ликвидировано 87 высших чиновников оккупационных властей, 2045 фашистских агентов и пособников врага. 25 омсбоновцев стали Героями Советского