Еще одну группу военных арестовали в самый канун Великой Отечественной войны. Все началось с приземления немецкого самолета «Юнкерс-52» на Красной площади 15 мая 1941 года. После этого в самый канун войны и в первые ее дни было арестовано несколько генералов, связанных с авиацией и ПВО, в том числе начальник управления ПВО Г.М. Штерн, начальник ВВС Красной Армии П.В. Рычагов, командующий Прибалтийским военным округом А.Д. Локтионов, ранее занимавший должность начальника ВВС Красной Армии, помощник начальника Генштаба по авиации, Я.В. Смушкевич, а также бывший начальник Генштаба К.А. Мерецков и нарком вооружений Б.Л. Ванников. Строго говоря, Берия к этим арестам не имел непосредственного отношения. Борьбой со шпионами и заговорщиками, по большей частью мнимыми, тогда уже занимался наркомат госбезопасности, во главе которого стоял В.Н. Меркулов. Кроме казуса с «юнкерсом», за арестованными генералами были и некоторые другие прегрешения. Так, например, Штерн скрыл свое социальное происхождение, о чем уже после Халхин-Гола, за который был удостоен Золотой Звезды Героя Советского Союза, написал покаянное письмо Ворошилову. Правда, из этого письма невозможно понять, кем же все-таки были родители Григория Михайловича. В анкетах он писал, что его отец был врачом. Можно предположить, что в действительности он оказался каким-нибудь купцом 2-й гильдии.
Были на Штерна, Рычагова и других и доносы. Это не удивительно. В НКВД, а потом в НКГБ собирали материал практически на всех генералов, чтобы при наличии санкции от Сталина дать ему ход. Так, капитан госбезопасности (что соответствовало армейскому полковнику) Тихон Васильевич Пронин в письме секретарю ЦК и члену ГКО Г.М. Маленкову от 3 апреля 1942 года признавался: «В письме товарищу Сталину 29 мая 1941 года я подробно описал о преступной деятельности перед партией и Государством бывших руководителей Военно-Воздушных Сил Красной Армии – Рычагова, Смушкевич, Пумпур и др.». Наверняка подобные же доносы были на Штерна, Мерецкова и других, особенно после того, как стало известно об инциденте с «юнкерсом» и снятии со своих постов Штерна и Рычагова. Но истинной причиной репрессий против генералов-авиаторов стал их провал с немецким самолетом.
Хотя, справедливости ради, надо признать, что сделать они могли немного. Советская ПВО оставалась весьма слабой вплоть до начала 60-х годов, когда на вооружение были приняты зенитно-ракетные комплексы и более совершенные радары. До этого не хватало и постов воздушного наблюдения, и зенитных орудий (в годы войны их получали по ленд-лизу из Америки), и истребителей-перехватчиков, и опытных пилотов. Например, в 1953 году, вскоре после смерти