Самому Эснару, оставшемуся на службе, тоже пришлось выдержать целый шквал критики. Во время пребывания в Африке он работал над статьей «Иудаизм Фрейда» (Sur l'israélisme de Freud), призванной показать, что психоанализ мало связан с «еврейской» культурой и представляется независимой дисциплиной. Опубликована статья в 1946 году. Послевоенная общественность, конечно, нападала из-за нее на Эснара.
Сам же военный врач в условиях, мягко говоря, «боевых» не теряет бодрости духа и вместе с немногочисленными оставшимися коллегами организовывает и поддерживает медицинскую службу в Бизерте, под бомбардировками союзников (так, только 17 апреля 1943 года, к полудню на территорию больницы упало 17 взрывных бомб, чудом не повредивших здания[25]), в условиях информационного вакуума, без медикаментов и денег, в политическом хаосе и регулярных вспышках эпидемий.
Впрочем, после войны не только Эснар, но и Лафорг, сотрудничавший с коллаборационистами, попал в немилость, и члены Международной психоаналитической ассоциации (МПА) ему это еще припомнят, равно как и неортодоксальную позицию, ведь, переехав в 1949 году в Тулон, он продолжил свою частную практику, но в свойственной ему нестрогой манере. Именно поэтому спустя четыре года во время событий первого раскола 1953 года он поддержал Жака Лакана. Этот раскол стал следствием конфликта между условно «либеральной» частью аналитиков во главе с Д. Лагашем и Ж. Лаканом и ее «консервативной» партией, возглавляемой С. Наштом[26].
В 1959 году Эснар так и не обрел славу «лаканиста», но стал президентом Французского психоаналитического общества. Это не помешало участникам МПА в 1961 году отказать Эснару и Лафоргу в признании. Когда в 1963 году произошел новый раскол в среде французских аналитиков, Эснар вновь последовал за Лаканом в созданную им «Парижскую школу Фрейда» (École freudienne de Paris).
В 1961 году Эснар закончил работу над книгой «Фобии и фобические неврозы» (Les Phobies et la Nevrose phobique); всего он стал автором десятка книг и более чем сотни статей по психоанализу, психологии, психиатрии и медицине. Более всего Эснара занимала тема истории психоанализа и его равзития, причем как во Франции, так и в мире. Интересны его тексты «От Фрейда к Лакану», а также «Психология преступления», написанная в 1961-м, но изданная в 1968 году.
В 1964 году по семейным обстоятельствам он покинул Тулон, чтобы обосноваться в Нанте, недалеко от места, где родился. Там же он и умер 17 апреля 1969 года, войдя в историю французского психоанализа под шутливым прозвищем «адмирал», но тем не менее оставаясь представителем «героического»