Одно из важнейших решений III съезда было направлено против христианских миссионеров, активно действующих в мусульманских провинциях и всячески поддерживаемых правительством. В решении указывалось, что законы Российской империи ограничивают гражданские права мусульман, создают условия для вмешательства христианских миссионеров в их религиозные и культурные дела. Пользуясь моральной и материальной поддержкой правительства, миссионеры умело сеют семена раздора в мусульманской среде. Открыто выступать против вредной пропаганды и миссионерских происков не представляется возможным, так как в стране нет свободы совести. Съезд видел выход из этого положения только в применении гражданских свобод, дарованных манифестом от 17 октября в отношении мусульман, и в скорейшем созыве новой Госдумы[418]. 20 августа съезд единогласно принял решение о христианских миссионерах, которое было подписано Топчибашевым и телеграммой направлено Столыпину.
Центральным вопросом съезда было принятие подготовленной Топчибашевым программы партии «Союза российских мусульман». Это был не единственный проект программы, представленный на съезд, но самый совершенный. Поэтому съезд отдал предпочтение именно этой программе[419], в которой отмечалось: «Цель Союза – объединить российских мусульман-единомышленников для того, чтобы исходя из требований времени и ситуации, а также, соответственно статьям этой программы, наладить наши политические, экономические, общественные, религиозные дела»[420]. Программа состояла из 11 разделов и 75 параграфов. В ее основу были положены программные принципы партии народной свободы. Новопринятый документ придавал «Союзу» общенациональный характер и представлял партию как надклассовую организацию. С точки зрения политической структуры России, программа отдавала предпочтение идее конституционной монархии и объявляла неприкосновенной частную собственность. Большое место в программе было уделено требованиям национально-культурной автономии. Функционирование школ на основе родного языка, открытие печатных органов на национальном языке, перестройка религиозных учреждений и расширение их прав, уравнивание в правах мусульманских религиозных деятелей с христианскими и другие вопросы нашли отражение в этой программе[421].
Программа оказалась очень обширной, поэтому политическая комиссия предложила съезду принять ее за основу, а далее совершенствовать ее в Центральном Комитете и Постоянном Бюро, которые будут действовать в Петербурге[422]. Программа Топчибашева, подтверждая гражданские, национальные и религиозные права российских тюрков, одновременно была носителем либеральных идей.
На съезде был принят Устав партии «Союз», определяющий организационную структуру партии. Был избран Центральный Комитет из 15 человек (А.М. Топчибашев, И. Гаспринский,