В это время на смену искушениям пришло страшное горе – на 49 году жизни скончался его отец. Тяжело пережив смерть отца, Иван Сергиев хотел бросить учебу и поступить на место отца псаломщиком, чтобы содержать овдовевшую мать и двух сестер. Но мать его Федора Власьевна решительно воспротивилась этому. Она настояла на том, чтобы сын поступил в Санкт-Петербургскую Духовную Академию.
Академическое начальство пошло навстречу нужде молодого студента, предоставив ему должность писаря в академической канцелярии с жалованием 10 рублей в месяц. На эти деньги он, хоть и скудно, смог обеспечивать мать и сестер. К тому же работа в канцелярии давала возможность уединенного досуга, который Иван Сергиев использовал для чтения Святых Отцов, из которых больше всего дорожил он трудами святителя Иоанна Златоуста.
Имея за плечами горький опыт общения с веселой компанией в семинарии, в Академии он старался избегать подобных знакомств, держась достаточно отстраненно от соучеников. Даже приступы беспричинной тоски, томившие его душу на старших курсах, не подвигли его к поиску мирских утешений, все утешение он по-прежнему черпал в молитве.
В то же время, учась в Академии, Иван Сергиев много думал о своем будущем служении. Поначалу он мечтал о принятии монашества и о миссионерском служении в далеких странах. Но от этой мечты ему пришлось отказаться по многим причинам. Во-первых, семейные обстоятельства, – как единственный мужчина в семье, он не мог оставить без финансовой поддержки мать и сестер. Во-вторых, он не хотел по окончании Академии уходить, оставив мир, в монастырь. И, наконец, воля Божия, выраженная в видении Андреевского собора в Кронштадте, повлияла на окончательный выбор святым Иоанном Кронштадтским жизненного пути. Он принимает решение вступить в брак, поскольку в то время невозможно было принять сан целибатом, и, приняв священный сан, служить страдающему миру.
Вступление в брак
Божий Промысл вел своего избранника – незадолго до окончания Духовной Академии студент Иван Сергиев знакомится с Елизаветой Несвицкой и делает ей предложение. В это время отец Елизаветы – протоиерей Константин Несвицкий, служащий в Андреевском Кронштадтском соборе, по слабости здоровья собирался уйти за штат. Дабы обеспечить большую семью – у протоиерея Несвицкого было шестеро детей, его место должно было перейти к будущему мужу старшей дочери отца Константина Елизаветы.
Закончив Академию и получив материнское благословение, Иван Сергиев женился. Затем, 11 ноября 1855 г., он был рукоположен в диакона, а 12 ноября в священника. Хиротония состоялась в Петро-Павловском соборе – одном из старейших храмов Санкт-Петербурга, совершал ее Епископ Винницкий Христофор – преподаватель Духовной