Принадлежал к древнему боярскому роду, известному на Москве с конца XIV столетия, когда родоначальник Головиных, князь Василий Ховра, в 1393 году прибыл «из греков» в Москву, которая начинала свое возвышение над Русью. Его внук Григорий по прозвищу Голова дал начало известному в истории России роду Головиных. Из него вышло шесть известных бояр.
Отцом первого русского генерал-фельдмаршала был боярин Алексей Петрович, служивший одно время воеводой в сибирской глубинке – в Тобольске. С 1681 года возглавлял Ямской приказ, ведавший внутренними путями сообщения и перевозками в Московском царстве. Был близок к царю Алексею Михайловичу. Часто упоминался в летописях тех лет.
Ф.А. Головин
Его сын Федор (появился на свет в 1650 году) получил хорошее домашнее образование. Как юноша знатного рода государеву службу начал в 16 лет при дворе «царевым младшим стольником». В 1685 году стал окольничим. Был наместником в пограничном Брянске. Головин-младший имел статную и величественную внешность, своими знаниями, умом и способностями выделяясь среди лиц царского окружения.
Он оказался среди тех ближних государевых людей, которым царь всея Руси Алексей Михайлович Романов завещал беречь царевича Петра, «яко зеницу ока». Это свидетельствовало, прежде всего, о полном доверии ближнему человеку, которому доверялась жизнь наследника престола.
Во время Стрелецкого бунта 1682 года ближний окольничий Федор Головин оберегал 10-летнего Петра Алексеевича от мятежных сторонников его родной (по отцу) сестры царевны Софьи. Уже тогда он дал совет царевичу опереться в борьбе за высшую власть на самый влиятельный и почитаемый в Русской православной церкви Троице-Сергиев монастырь.
Правительница Софья Алексеевна, вставшая над юными государями Петром и Иваном, послала Головина на берега Амура, в Даурию. Русский городок Албазин требовалось защищать от китайцев (маньчжур), армии которых не раз подступали к его стенам. Одновременно из Москвы удалялся влиятельный боярин, сторонник Петра I.
Из Москвы дипломата Ф.А. Головина отправили со статусом наместника Сибира, уполномоченного вести переговоры с Китаем и по пути собирать царские войска для обеспечения безопасности восточных границ царства. Прибыв на место, боярин Федор Головин для начала отразил нападение монгольских князей на Селенгинск, а в августе 1689 года в Нерчинске начал трудные переговоры с китайским посольством. Они закончились подписанием Нерчинского договора, который впервые установил государственную границу между Московским царством и Циньской империей. Ею стала река Горбица, становой хребет и река Аргунь, впадавшая в Амур. Городок-крепость Албазин тогда сохранить за собой не удалось.
Дипломат Федор Головин возвратился в Москву в феврале 1681 года, когда царевна Софья уже находилась в заточении в Новодевичьем монастыре, а «на царстве» сидели братья-соправители Петр I и Иван I. Младший из них был искренне рад