Первый антипольский мятеж поднял уже в декабре 1591 года командующий пограничными войсками Речи Посполитой, избранный казацкий гетман, православный шляхтич Кшиштоф Косинский на Киевщине, Брацлавщине и Волыни. Двадцать тысяч казаков взяли Белую Церковь с пушками и всем арсеналом, где устроили штаб-квартиру бунта и целый год гоняли шляхту по Украине. Польская Корона собрала войско и в январе 1593 года у Житомира разбила повстанцев. Казаки попытались укрепиться в Черкассах, но в мае 1593 года при их штурме погиб Косинский и восстание было жестоко подавлено. Нобили уничтожили все документы о мятеже и делали так и впредь, но историю уничтожить нельзя.
Казаки после двух уний 1569 и 1596 годов стали говорить, что украинский народ не будет приймаком в чужой плотью и верой семье. Через год после мятежа Косинского новый бунт подняли Северин Наливайко и поддержавший его казацкий гетман Григорий Лобода. Наливайковцы разбили высланные против них польские карательные войска и отряды великого литовского гетмана Короля Радзивилла, взяли Бобруйск, Слуцк и Могилев и два года били шляхту на Волыни, Брацлавщине, Киевщине и Беларуси. Весной 1595 года казаки Наливайко и Лободы ходили в поход на турецкую Молдавию и Венгрию, после чего против шляхты восстала и Галичина, соперничая в этом с поднявшейся Беларусью. Через год казацкие полки под Белой Церковью разнесли большое польское карательное войско. Речь Посполитая напряглась и ее регулярная армия летом 1596 года на Полтавщине разбила казаков, которые заперлись в укрепленных Лубнах. Великий коронный гетман Станислав Жолкевский осадил город и пообещал всем повстанцам амнистию. Лобода, понимая, что казакам не победить вчетверо большего врага, начал переговоры, но наливайковцы заявили, что поляки обманут. У казаков начался хаос и в результате возникшего конфликта Лобода был убит. Жолкевский воспользовался разладом и устроил вошедшую в украинскую историю Лубенскую бойню, перебив тысячи восставших. Наливайко взяли живьем и казнили в Варшаве, с этого момента, взяв в моду захваченных казацких вождей короновать раскаленной железной короной, четвертовать или заживо запекать в пустых медных быках. На предупреждения умных и честных поляков о том, что посеешь, то и пожнешь, магнаты и нобили Речи Посполитой, естественно, не реагировали. Паны стали требовать у Варшавы унять казачество, мешавшее им пить посполитую кровь, и сейм во главе с сенатом благосклонно в 1601, 1603, 1611, 1613 годах выпускали новые и новые конституции-постановления, усугублявшие казацкую проблему.
В 1600 году новым реестровым казацким гетманом был избран Самойло Кошка, четверть века проплававший пленным гребцом на турецких галерах. Он сумел опять восстановить казачество, которое отвечало на походы турок и татар, атаками Крыма и турецких берегов и сам султан в своих дворцах