Учениками и последователями А. Везалия в XVI–XVII вв. были сделаны многие важные открытия, исправлены допущенные ранее ошибки. Так, Г. Фаллопий (1523–1562) в «Анатомических наблюдениях» впервые тщательно описал строение многих костей, мышц, органов слуха, зрения. Б. Евстахий (1510–1574) изучал анатомию зубов, почек, вен, органа слуха, занимался сравнительной анатомией. И. Фабриций (1537–1619) изучал строение пищевода, гортани, описал венозные клапаны. Именами этих исследователей были названы описанные ими органы: фаллопиева (маточная) труба, евстахиева (слуховая) труба, фабрициева сумка.
В XVII–XIX вв. анатомия обогатилась новыми фактами и открытиями. В 1628 г. английский учёный У. Гарвей (1578–1657) в своей книге «Анатомические исследования о движении сердца и крови у животных» доказал, что кровь движется по замкнутому кругу: по артериям от сердца, по венам – к сердцу. Его работы послужили формированию самостоятельной науки о работе органов – физиологии.
Благодаря усовершенствованию микроскопа А. ван Левенгуком (1632–1723) появилась возможность изучать микроскопическое строение органов и тканей.
В 1661 г. М. Мальпиги (1628–1694), изучая лёгкие, открыл альвеолы и капилляры, являющиеся связующим звеном между артериями и венами лёгких. В 1685 г. Г. Бидлоо (1649–1713) доказал, что нервы состоят из скопления тонких нервных волокон. К. М. Бэр (1792–1876) открыл яйцеклетку человека.
В России первые анатомические сведения можно найти уже в древних рукописях X–XIII вв. Первые медицинские школы (академии) у нас были открыты в XVII–XVIII вв. В 1658 г. Епифаний Славинецкий перевёл на русский язык труды Везалия. Большой вклад в развитие науки о строении тела человека внесли первые отечественные учёные-анатомы. А. П. Протасов (1724–1796) – автор многих русских анатомических терминов, работ о телосложении человека, строении и функциях желудка. С. Г. Зыбелин (1735–1802) опубликовал книгу «Слово о сложении тела человеческого и о способах, как оное предохранять от болезней», в своих трудах высказал мысль об общности происхождения животных и человека. Врач К. И. Щепин (1728–1770) первым начал преподавать анатомию и другие науки на русском языке.
Первые учебники по анатомии в России появились в начале XIX в.: руководство П. А. Загорского (1764–1846) «К сознанию строения человеческого тела», «Курс анатомии» Е. О. Мухина (1766–1850) и переведённый М. И. Шеиным