Президиум Академии наук СССР своим Постановлением от 23 декабря 1960 года признал необходимым организовать отделение ИПГ АН СССР в г. Обнинске. Для руководства Обнинским отделением предусматривалась в штатном расписании ИПГ дополнительная должность заместителя директора Института. В начале февраля 1962 года на эту должность Е.К. Фёдоров назначил Г.А. Середу.
Е.К. Фёдоров начал формировать самостоятельные научные подразделения Отделения. Первым из них стала в середине 1961 года Лаборатория нижнего слоя атмосферы, вторым (в начале 1962 года) – отдел ядерной метеорологии.
В октябре 1961 года Е.К. Фёдоров перевёл для работы в Отделении д-ра физ. – мат. наук Левина Л.М. В том же месяце он утвердил комиссию во главе с Л.М. Левиным по подготовке проведения научно-исследовательских работ в строящемся аэрозольном корпусе, по оснащению установок корпуса специальной контрольно-измерительной аппаратурой и приспособлениями.
В конце 1961 года личные дела и трудовые книжки, работающих в г. Обнинске, были переданы из ИПГ в Отделение. Е.К. Фёдоров разрешил также издавать приказы по Отделению по личному составу. Приказ № 1 по Отделению, подписанный Е.К. Фёдоровым, был издан 30 ноября 1961 года.
В марте 1962 года Е.К. Фёдоров издал распоряжение по ИПГ, предписывающее приём и увольнение сотрудников института, имеющих высшее образование, производить приказом директора Института без права замены.
В 1961 году были введены в эксплуатацию вторая очередь главного лабораторного корпуса, небольшое здание проходной, в 1962 году – жилой дом (54 квартиры).
Главный лабораторный корпус. 1962 г.
В соответствии с Распоряжением Совета Министров СССР от 5 апреля 1963 года Институт прикладной геофизики с филиалом в Обнинске был передан по состоянию на 1 января 1963 года в ведение Главного управления гидрометеорологической службы (ГУГМС) при Совете Министров СССР.
Аэрозольный корпус. Май 1964 г.
В декабре 1963 года в связи с приближающимся завершением строительства аэрозольного корпуса Е.К. Фёдоров в соответствии с постановлением Ученого совета ИПГ и разрешением ГУГМС создал в составе Филиала научный отдел аэрозольных исследований (заведующий Левин Л.М.). Началась отладка и ввод в эксплуатацию комплекса экспериментальных установок аэрозольного корпуса, позволяющих проводить лабораторные исследования в области физики облаков и физики аэрозолей.
В январе 1964 года Е.К. Фёдоров создал в составе отдела ИПГ научную лабораторию с местом работы в Обнинском филиале, в задачу которой входили разработка и внедрение самолётных измерений влагозапасов в верхнем слое почвы и на её поверхности методом гамма-съемки.
В январе 1964 года Е.К. Фёдоров назначил Г.А. Середу директором Обнинского филиала ИПГ. Началось формирование структуры и административно-управленческого персонала Филиала.
Е.К. Фёдоров создал с 1 апреля 1964 года Лабораторию гидрометеоприборов, послужившую началом