Кроме Института прикладной геофизики, Е.К. Федоров был причастен к организации и развитию целого ряда учреждений Росгидромета. Он добился перевода в Обнинск части ИПГ, которая очень быстро стала самостоятельным Институтом экспериментальной метеорологии, а со временем превратилась в крупное научно-производственное объединение «Тайфун». Он курировал работу Высокогорной геофизической экспедиции (ВГЭ) и способствовал созданию Высокогорного института в городе Нальчике, возглавлял работу геофизической комплексной экспедиции (ГКЭ), возглавлял Арктический и Антарктический Институт. Именно во время работ во ВГЭ и ГКЭ Е.К. Федоров выдвинул идею научно обоснованного метода воздействия на процессы облакообразования для стимуляции выпадения из них жидких и твердых осадков. Использование этого метода со временем не только стала реальностью, но и принесло огромные выгоды народному хозяйству страны.
Евгений Константинович организовал Всесоюзный научно-исследовательский институт гидрометеорологической информации (ГосНИЦИПР), Среднеазиатский НИГМИ и Западно-Сибирский НИГМИ, которые быстро превратились в ведущие учреждения в своей отрасли и в своих регионах.
Е.К. Федоров был инициатором расширения морских и океанских исследований ГУГМС. Для морских исследований был построен специальный научно-исследовательский флот, состоящий из разных типов научно-исследовательских судов: четыре судна типа «Профессор Визе», восемь судов типа «Пассат», пять судов типа «Академик Шулейкин», шесть судов типа «Рудольф Самойлович», семь судов типа «Вадим Попов», научно-исследовательский ледокол «Отто Шмидт», научно-экспедиционное судно «Михаил Сомов» и другие суда.
Постройкой научно-исследовательского судна «Профессор Визе» началась новая серия океанских судов для Гидрометеорологической службы СССР. Судно построено в 1966 г. на верфи имени Матиаса Тезена в г. Висмар (Германская Демократическая Республика). Первый рейс судна начался в ноябре 1967 г. по программе 13-й Советской антарктической экспедиции. Начальником первого рейса был руководитель Гидрометслужбы, знаменитый участник первой папанинской дрейфующей станции «северный полюс» академик, Герой Советского Союза Е.К. Федоров. Командовал судном капитан С.Г. Пегосов.