Осенью 1917 г. Константинопольский Патриарх особыми грамотами приветствовал восстановление в России Патриаршества и лично – избранного Московским Патриархом святителя Тихона (Белавина). В этой связи 21 ноября на Троицком подворье в Москве с приветственной речью выступил в качестве представителя Вселенской Патриархии архимандрит Иаков[44]. В апреле 1918 г. Патриарх Московский и всея России Тихон написал владыке Герману V свое мнение по вопросу о возможности введения нового календарного стиля в богослужебную практику в Церквах Православного Востока и России, а 28 мая отправил Константинопольскому Патриарху послание о начавшихся в стране гонениях на Церковь[45].
В октябре 1918 г. по благословению Патриарха Германа V митрополит Афинский Мелетий (Метаксакис) посетил США и без согласия канонической власти Российской Православной Церкви в Северной Америке, которую в отсутствие находившегося в Москве архиепископа Алеутского и Североамериканского Евдокима (Мещерского) осуществлял епископ Канадский Александр (Немоловский), учредил в Нью-Йорке Синодальную комиссию во главе с титулярным епископом Родостольским Александром (Димоглу), начавшую объединение греческих приходов в Северной Америке в юрисдикции Элладской Православной Церкви.
Как раз в это время Патриарх Герман V был вынужден удалиться на покой в результате протестов православных греков против его чрезмерно компромиссной политики по отношению к турецким властям. 5 октября 1918 г. во время великого входа при совершении литургии в патриаршем храме раздались крики: «Долой!». Почувствовав себя плохо, Патриарх обратился к народу с просьбой успокоиться и затем обещал через митрополита Прусского уйти в отставку. Это произошло 12/25 октября 1918 г. (владыка Герман поселился в Халкидоне и в декабре 1920 г. скончался, похоронен он был в церкви Пресвятой Троицы в Халкидоне)[46]. В тот же день Местоблюстителем Патриаршего престола с перевесом в один голос был избран митрополит Прусский (по другому Прусийский, от г. Пруса – современная Бурса) Дорофей (Маммелис), занимавший эту должность до своей смерти в 1921 г.
В январе 1920 г. Священный Синод Константинопольского Патриархата под его председательством опубликовал окружное послание (энциклику) «К Церквам христианским, во всем мире обретающимся». Изданное в период греко-турецкой войны, послание было ориентировано на православноангликанское сближение. В нем выражалась особая надежда на продуктивный экуменический диалог, имеющий своей целью снятие противоречий в отношениях разрозненных христианских деноминаций для «подготовления и облегчения дела полного, со временем, при помощи Божией, благословенного воссоединения всех Церквей». Одним из средств достижения межхристианского единства энциклика называла «принятие общего календаря ради единовременного празднования великих христианских праздников всеми Церквами».