15 сентября 1922 г. митрополит Конийский Прокопий, которому подчинялись все приходы Анатолии, и еще два епископа и два священника отделились от Константинопольского Патриархата и создали свой Синод Турецкой Православной Церкви (в то время в Анатолии жило около 50 тысяч караманлидов – туркоязычных или двуязычных православных греков). Фактическим лидером движения сепаратистов стал туркоязычный священник из г. Кескина в Анатолии «Папа» Евтим (Эфтимиос Каракиссаридис). Он выступал за мирное сосуществование христиан и мусульман и последующее отуречивание православных. Члены нового Синода пользовались активной поддержкой правительства Мустафы Кемаля, в связи с чем Патриарх Мелетий счел неуместным подвергать их прещениям. Он предложил создать находящуюся в подчинении Вселенскому Патриархату автономную Турецкую Церковь, в которой обещал ввести в богослужение турецкий язык, но получил отказ. Весной 1923 г. член раскольнического Синода священник «Папа» Евтим при содействии турецкого правительства захватил храм Панагии Кафатиани в Стамбуле. В начале июня староста этого храма Дамианос Дамианидес организовал группу, которая ворвалась в здание Патриархии и потребовала немедленного отречения Мелетия IV В ответ на эти действия Патриарх все-таки отлучил зачинщиков акции от Церкви. Указанное движение продержалось до начала 1930-х гг., прекратив существование после массового переселения православного населения из Анатолии[85].
В октябре 1922 г. Патриарх Мелетий в интервью итальянской газете «Ориенто Модерно» отметил, что если Патриархат не сможет свободно функционировать в Турции, его придется перевести на Святую Гору Афон. В том же месяце Священный Синод дважды обсуждал вопрос о перемещении Патриархата за пределы Турции, но решения не было принято[86].
4 января 1923 г. турецкая делегация официально потребовала от членов Лозаннской международной конференции перевести Константинопольскую Патриархию за пределы Турции (на Афон) ввиду ее враждебного отношения к турецкому правительству во время прошедшей войны. В противном случае турки угрожали депортацией всех греков из Стамбула. Председатель подкомиссии по обмену населением между Грецией и Турцией итальянец Г.М. Монтана предположил, что «удаление Патриарха будет не слишком высокой платой за достижение согласия». Однако представители правительств Великобритании, Франции и США воспротивились, усмотрев в этом предложении влияние Ватикана. Французская делегация предложила компромиссное решение – оставить Патриархию в Стамбуле, но лишить ее политической власти, которую она ранее имела. Греческая делегация поддержала предложение французов[87].
В тот же день – 4 января свое обращение в защиту Константинопольского Патриархата к президенту Лозаннской конференции направил Синод русских архиереев за границей: «Мы применяем это выражение [наша апостольская вера]