Вторая половина 1942 года прошла для «девяток» в походах в африканские воды и в борьбе с североатлантическими конвоями союзников. В них субмарины также достигли некоторых успехов. В этом году ни одна лодка типа IXB не погибла. Однако, несмотря на то, что это были дни наивысшего могущества подводного флота Германии, впереди немецких подводников ждали трудные времена.
1943 год стал годом перелома в Битве за Атлантику. Немецкие «волчьи стаи» на протяжении первых четырех месяцев вели упорную борьбу с конвоями союзников, пытаясь перерезать питательную нить, соединявшую Великобританию с США и Канадой. Но время уже работало против «серых волков». В мае 1943 года союзные силы ПЛО перешли в наступление, нанеся им тяжелое поражение. Немецкие подлодки были вынуждены покинуть Северную Атлантику. Попытка вернуться к конвойной войне в сентябре 1943 года оказалась для немцев неудачной. Стало ясно, что время «волчьих стай» закончилось навсегда.
Для «девяток» этот период стал наиболее тяжелым. Во время боевых действий 1943 года в Атлантике погибли U-105, U-106, U-109 и U-124. Две субмарины – U-103 и U-108 – были переведены на Балтику, где использовались как учебные. В боевом строю немецкого подплава остались только две подлодки типа IXB: U-107 и U-123. Их судьбы сложились по-разному.
В мае – июле 1944 года U-107 совершила длительный и бесплодный поход к берегам Канады, где она только смогла повредить небольшой американский парусник «Ларк», обстреляв его из 37-мм и 20-мм орудий. Это нападение стало последним успехом лодок типа IXB в Битве за Атлантику. 16 августа 1944 года U-107 вышла из Франции в свой последний поход. Спустя двое суток она была потоплена в Бискайском заливе британским «Сандерлендом» из 201-й эскадрильи КВВС.
U-123 совершила в 1944 году только один поход. С января по апрель она находилась в море, действуя у Фритауна и в Гвинейском заливе. Однако это место боевой славы «девяток» 1941 года теперь хорошо охранялось силами ПЛО союзников. В результате субмарине не удалось поразить ни одной цели. 24 апреля «девятка» вернулась на базу в Лориан. К этому моменту старая изношенная лодка нуждалась в серьезном ремонте, который был признан нецелесообразным, особенно ввиду начавшейся во Франции высадки союзников. U-123 была выведена из состава кригсмарине 17 июня 1944 года и оставлена в одном из «пеналов» бункера Кероман III на базе в Лориане. После капитуляции немецкого гарнизона 9 мая 1945 года лодка попала в руки американцев, которые впоследствии передали ее французам. Субмарина была восстановлена и вошла в состав французского флота под названием «Блезон». Карьера «немки» под триколором длилась более десяти лет, и лишь 15 августа 1959 года лодка была списана и пущена на слом.
14 подлодок типа IXB с 1940 по 1944 год включительно совершили 100 боевых походов, в ходе которых пустили ко дну 276 судов (включая и вспомогательные корабли) общим тоннажем 1 490 000 БРТ. Также они потопили легкий крейсер, шлюп, корвет, подводную лодку и повредили линкор «Малайя». С учетом того, что на каждую лодку этого