Есть еще одна столь же оригинальная гипотеза, родившаяся после исследования под микроскопом нескольких фрагментов костных останков из погребений хараппского времени. Она утверждает, что протоиндийская цивилизация погибла из-за эпидемии малярии. Действительно, малярия процветает в жарком и влажном тропическом климате, однако никогда она не принимала характера эпидемии. Дело в том, что биологические организмы, живущие в каком-то регионе, обладают определенной устойчивостью к инфекционным заболеваниям, широко распространенным в данной местности, и большинство коренных жителей этими болезнями не болеют, а заболевшие переносят их в легкой форме. Напротив, больше всего страдают от таких региональных заболеваний переселенцы, организм которых не привык к новому климату и не имеет иммунитета к новым для него заболеваниям. Хараппцы проживали в долине Инда многие сотни, если не тысячи лет, поэтому они должны были обладать значительным иммунитетом против обычной в здешних краях малярии. Однако, возможно, исследователи и правы, просто они взяли скелеты не хараппцев, а мигрантов, захороненных по хараппскому обычаю. Дело в том, что полные скелеты, которые можно однозначно идентифицировать, встречаются довольно редко – кости могли сгнить или истлеть, могила могла быть разграблена. Возможно, это были останки переселенцев из сухих степей Синда и Белуджистана, которые в поисках лучшей жизни пришли в долину Инда и умерли здесь от необычного для них заболевания. Или, может быть, это были арии, явившиеся из более холодных и сухих регионов Средней Азии.
Версия третья: варваризация культуры. Способ самооправдания: «виноваты иноплеменники, но не арии». Согласно этой гипотезе, виноваты в гибели протоиндийской цивилизации окружавшие ее племена. Настоящие хараппцы расселились на значительной территории, заселенной различными варварскими племенами. В результате хараппцы и генетически, и культурно растворились в варварах и постепенно сами деградировали. В качестве доказательства своей правоты защитники этой гипотезы приводят пример хараппских городов на Катхияварском полуострове, таких как Лотхал. Этот город не был разрушен. Но в XVIII в. до н. э. здесь прослеживаются признаки запустения, приходит в упадок порт и каналы, соединяющие порт и реку. Арии к тому времени уже подошли к Мохенджо-Даро и Хараппе, но ведь до Лотхала несколько тысяч километров по непроходимым джунглям. А значит, возникает вопрос: как же арии могли повлиять на деградацию города, в котором их не было? Главное возражение против этой гипотезы состоит в том, что общий упадок культуры в Лотхале не связан с изменением антропологического типа населения, иными словами, в Лотхале не было не только ариев, но и других мигрантов. А значит, ни о какой варваризации культуры говорить