Когда отец умер, Юрий и Ярослав, заключив двусторонний договор, направленный против Константина, выступили на Ростов. Юрий начал переговоры, предложив обменять Владимир на Ростов. Константин наотрез отказался, потребовав Владимир для себя, Ростов для своего сына и предложив Юрию удовлетвориться Суздалем.
В 1216 году разразилась настоящая война, осложненная участием внешних сил: на стороне Константина были Ростиславичи и новгородцы, а Юрию и Ярославу помогали дружины из Мурома и жители половецкого порубежья, которых называли бродниками. Начало войне положили события в Новгороде – бегство Ярослава Всеволодовича в Торжок, захват им купцов и перекрытия продовольственного потока. В войну с ним вступил вернувшийся в Новгород Мстислав Удалой. Его целью было выбить Ярослава из Торжка. Поначалу соперники ограничивались стычками на границах Новгородского, Смоленского княжеств и Суздальской земли. Но мало-помалу разрозненные отряды каждой из сторон объединялись, их численность возрастала благодаря прибывающему пополнению: Ярослав соединился с превосходящими силами своего брата Юрия, а Мстислав не только призвал на помощь своих родичей (брата Владимира, в то время княжившего в Пскове, двоюродного брата Владимира Рюриковича из Смоленска и Всеволода, сына киевского князя Мстислава Романовича), но и сообщил Константину о положении дел на западных границах Суздальской земли.
В конце концов два враждующих войска сошлись лицом к лицу на реке Липице в районе Юрьева Польского. Перед началом битвы Юрий и Ярослав, уверенные в победе, договорились между собой о будущем разделе Руси. По этому соглашению Юрий получил бы Владимирскую и Ростовскую земли, Ярослав – Новгород, их младший брат Святослав – Смоленск. Киев должен был отойти черниговским князьям, а Галицкая земля – поделена между Юрием и Ярославом.
Но осуществить эти планы не удалось. Решающая битва состоялась 21 апреля 1216 года и закончилась полной победой Константина и его союзников. Юрий и Ярослав вынуждены были бежать. Первый был смещен с владимирского престола, сослан в отдаленный удел, затем перемещен в Суздаль, где и правил до смерти Константина, которая наступила в феврале 1218 года. Второй затаился в своем Северном Переяславле. Ему удалось откупиться от победителей богатыми подарками, а также пришлось расстаться с женой – дочерью Мстислава Удалого.
Второе княжение Юрия во Владимире выдалось более успешным, если не считать того, как оно закончилось. В 1221 году ему удалось поставить князем в Новгороде своего сына. Когда последний бежал, на новгородский престол снова взошел Ярослав Всеволодович.