В отличие от своих сыновей-королей она была деятельной, энергичной, умела и веселиться и работать. Детей любила, но и любовь ее была властной. За неповиновение она могла и побить. И интересы династии всегда ставила выше их интересов. Династические браки, которые Екатерина устраивала, ни принесли счастья ни одному из рода Валуа. А свадьба Маргариты с ненавистным ей королем Генрихом Наваррским закончилась жуткой Варфоломеевской ночью. О любовных похождениях королевской дочери ходила масса нелицеприятных слухов. Это не особо волновало королеву (ведя добропорядочный образ жизни, она поощряла разврат), пока Маргарита не обратила внимание на Генриха де Гиза. Впустить в свою семью Гизов было для Медичи равносильно утрате трона. Чтобы не закончить свою жизнь от яда или кинжала, юноша быстренько объявил о своем браке с Екатериной Киевской и покинул Париж.
Конечно, брак с католиком был бы предпочтительней, но Карл X, временно попавший под влияние гугенота Колиньи, встал на сторону протестантов. Одна чаша весов перевесила, и Екатерина задумала сразу после свадьбы Маргариты с католиком Наваррским убить всех дворян-гугенотов, прибывших на торжество и «компактно» разместившихся в Лувре и вокруг него. Бойня началась в 3 часа ночи 24 августа 1572 г., накануне праздника Св. Варфоломея. К 5 часам утра спланированная акция была успешно завершена, но получила неожиданное для королевы продолжение: парижская беднота еще три дня «резала горло» всем подряд, не спрашивая вероисповедания, грабя и бесчинствуя. «Эпидемия» жестокости растеклась по всему королевству: было убито от 20 до 30 тыс. человек.
Не успела Екатерина «восстановить» мир и отправить сына Генриха править Польшей, как истек срок, отведенный «зеркалом» Франциску II. Королева-мать не пожелала отдать трон амбициозному и вечно недовольному герцогу Алансонскому и Анжуйскому. Она сохраняла его для любимого сына Генриха, который, решив править самостоятельно, допускал один просчет за другим. Дошло до войны между родными братьями, не говоря уже о короле Наваррском. Генрих III пытался показать свою власть, Екатерина спешила исправить его ошибки, используя свой авторитет и государственную казну. В течение полутора лет 60-летняя королева колесила по стране в попытках разрешить проблемы и спасти род Валуа. Силы она растрачивала впустую. К 1585 г. в живых оставались только Маргарита Наваррская и Генрих III, ненавидевшие друг друга.
Власть Валуа подтачивали Гизы, они образовали фанатичную Святую Лигу. Постаревшая, страдающая от многочисленных болезней, королева не могла спасти авторитет сына, который то предавался чрезмерным удовольствиям, то впадал в депрессию и крайнюю религиозность. Во время пятой гражданской войны, пришедшейся на время ее правления, Екатерина взвалила на себя обязанности военного интенданта, во время осады Парижа следила за строительством фортификационных сооружений, организовывала разведку. В мае 1588 г. королевское правительство было свергнуто, Генрих III в страхе бежал, оставив мать и свою жену заложницами у Гизов.