Он начал свою карьеру с обучения в Свободном университете Берлина, где занимался философией, социологией, немецкой и сравнительной литературой и защитил магистерскую диссертацию о поэзии Гельдерлина. Одним из рано повлиявших на него учителей был Петер Сонди, основатель Института сравнительного литературоведения (первой кафедры этой дисциплины в Германии) и автор исследовательских работ на стыке философии и литературы, среди прочего о Фридрихе Гельдерлине, Вальтере Беньямине, Франце Кафке и Пауле Целане – авторах, к которым и сам Хамахер позднее обращался снова и снова. Он стал студентом программы института в 1967 году, а его выбор темы диссертации – помимо собственного интереса – был отчасти продиктован тем, что в том же году у Сонди вышла книга исследований Гельдерлина, и он мог надеяться, что Сонди станет рецензентом или руководителем его работы. Но выбор имел и более общие обоснования. Сонди организовал институт в обстановке, когда факультеты немецкой литературы переживали кризис, вызванный преодолением наследия националистической идеологии, которая сформировала интеллектуальное содержание германистики во времена национал-социализма. Программой института был уход от национальной парадигмы в литературоведении и переход к парадигме интернациональной, в которой внимание уделялось идеям и темам, не ограниченным рамками одной страны или одного языка; поэтому в институт приглашались литературоведы и философы из Швейцарии, Франции, США и других стран.
Эта смена парадигмы напрямую затронула и исследования поэтики Гельдерлина, сделав ее предметом горячих дискуссий. Перед самым началом Первой мировой войны поэтический круг Штефана Георге провозгласил Гельдерлина подлинно немецким поэтом, чьи стихи могут быть понятны только тому, кто способен чувствовать немецкий дух в его чистоте. Позднее это представление оказалось в услужении нацистской идеологии, практически превратившей поэта в мифологическую фигуру патриотического певца-пророка. В преддверии же студенческой революции