Публикация записки председателя Совета по делам Русской Православной Церкви Г.Г. Карпова в 1989 г. историками В.А. Алексеевым и М.И. Одинцовым о встрече И.В. Сталина с руководством Московского Патриархата 4 сентября 1943 г. открыла новую страницу в отечественной историографии. С тех пор тема церковно-государственных отношений стала не только предметом специального исторического исследования, но и одной из приоритетных проблем.
В российской историографии, по существу, первым к данной теме обратился В.А. Алексеев. В 1991–1992 гг. он написал две упоминавшиеся выше монографии, в которых частично рассматривается и государственная религиозная политика в СССР в годы войны. Алексеев собрал интересный фактический материал, выдвинул ряд обоснованных гипотез. В частности, он справедливо подчеркивал значительную силу политической традиции, инерции антирелигиозной борьбы у большей части партийного и комсомольского аппарата, которая определяла и многие аспекты политики государства по отношению к Русскому Православию в целом. Встречу Сталина с тремя митрополитами Московского Патриархата в сентябре 1943 г. и проведение Всероссийского Поместного Собора в конце января – начале февраля 1945 г. В.А. Алексеев увязывает с проведением встреч руководителей стран антигитлеровской коалиции в конце 1943 г. в Тегеране и в феврале 1945 г. в Ялте. Однако автором практически не рассматривается ответная реакция Церкви, не уделяется должного внимания позиции духовенства и мирян. При изучении действий государства отсутствует комплексный подход, исследуются, главным образом, идеологические аспекты. Влияние же внешнеполитической линии руководства страны (оказавшей определяющее воздействие на смягчение отношения к Церкви) почти не учитывается. Нет в книгах и четко выделенной периодизации религиозной политики. Кроме того, В.А. Алексеев – бывший работник аппарата ЦК КПСС; как и в своих статьях 1980-х гг., он несколько идеализирует государственно-церковные отношения.
Таким же недостатком страдает небольшая по объему монография М.И. Одинцова «Государство и Церковь в России. XX в». Военному периоду в ней посвящен лишь один параграф. Основное внимание уделяется изучению деятельности органов, непосредственно осуществлявших государственную политику в религиозном вопросе, и эволюции конституционно-правовой базы государственно-церковных отношений. Попытки совместить представления 1980-х гг. с информацией из рассекреченных архивных фондов порой приводили автора к противоречащим друг