Из обобщающих российских публикаций 2000-х гг. по данной теме интерес представляют монографии нижегородского историка А.А. Корнилова[92], В.Н. Якунина[93], М.В. Шкаровского[94] и совместная работа протоиереев Василия Ермакова, Георгия Митрофанова и Б. Гусева[95], целиком посвященные церковной деятельности на оккупированной нацистами территории СССР.
Довольно большой комплекс работ посвящен отдельным подвергшимся оккупации регионам Советского Союза. Здесь, прежде всего, необходимо отметить историю религиозной жизни в Прибалтике и на оккупированной территории Ленинградской, Новгородской и Псковской области – сфере деятельности единственной существовавшей в годы войны православной духовной миссии – Псковской.
К этой теме исследователи обращались неоднократно. В советское время специально деятельности Псковской миссии и Прибалтийского Экзархата Московской Патриархии в 1941–1944 гг. были посвящены две небольшие книги З.В. Балевица и Я.Я. Веверса, которые уделили главное внимание деятельности Псковской православной духовной миссии и Прибалтийского Экзархата Московского Патриархата 1941–1944 гг.[96] Они далеки от объективности, но если Веверс видит в Псковской миссии лишь агентуру фашистской разведки, то Балевиц все же более объективен. Так, он отмечает, что прихожане православных храмов оказывали советским военнопленным посильную помощь, используя церковные богослужения как подчас единственную возможность для передачи им не только христианской «милостыни», но и ободряющей информации о положении на фронте, а иногда и одежды или оружия, без которых невозможно было бегство из фашистской неволи. Автор противопоставляет действия прихожан позиции руководства Прибалтийского Экзархата и большинства священнослужителей, в то же самое время признавая, что некоторые из священников поддерживали движение народного сопротивления оккупантам. Говоря о прибалтийском православном епископате, Балевиц пишет о том, что он признал выборы Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Сергия (Страгородского), несмотря на сильнейшее давление оккупационных властей, а это было патриотическим поступком; глава же Экзархата митрополит Сергий (Воскресенский) имел антикоммунистические, но отнюдь не прогерманские взгляды.
Обе эти работы не случайно вышли в Прибалтике. В РСФСР написание подобных трудов было под запретом.