В 1811 году Лобачевский был утвержден магистром, в 1814 году – адъюнктом университета. Внешне жизнь текла равномерно, мало кто знал, что время от времени эту внешне спокойную жизнь немало потрясали крупные карточные проигрыши жены, злоупотреблявшей азартными играми.
Впрочем, с этими потрясениями Лобачевский справлялся.
В 1816 году он уже экстраординарный, а в 1822 году – ординарный профессор.
В 1820–1821 годах, а затем в 1923–1825 годах он – декан физико-математического факультета, а с 1827 по 1846 год – ректор университета.
Начало самостоятельной работы Лобачевского совпало с яростной чисткой, устроенной в Казанском университете известным политическим деятелем того времени М. Л. Магницким. Неистовый поборник законопослушности и богобоязненности Магницкий даже рекомендовал императору Александру I вообще закрыть Казанский университет, как «рассадник вольнолюбивой заразы», но, к счастью, император решил обойтись менее крутыми мерами. К тому же, российские власти в те годы были озабочены развитием русской культуры в регионе, в котором еще достаточно сильно чувствовалось исламское влияние.
С Казанским университетом судьба связала Лобачевского навсегда.
Лобачевский никогда не бывал за границей, да и по России практически не ездил. Несколько раз, правда, побывал в Петербурге и в Дерпте, а однажды посетил Гельсингфорс – был приглашен на юбилейные торжества, устроенные в местном университете.
Университет Лобачевский любил.
Годы, отданные университету, сделали Лобачевского известным в Казани человеком. Он умел организовать самую сложную работу и всегда добивался успехов. Там, где требовалась особая ответственность, выдвигали именно Лобачевского. Надо было привести в порядок библиотеку, библиотекарем непременно назначали его, пусть даже приходилось совмещать такую работу с ректорской; начиналось строительство, Лобачевского непременно вводили в строительный комитет, даже избирали председателем. Он явился инициатором издания и первым редактором «Ученых записок Казанского университета». При Лобачевском в Казанском университете были организованы новые клиники, анатомический театр, большой физический кабинет, астрономическая обсерватория. Лобачевский состоял членом особого комитета, созданного для наблюдения за деятельностью училищ округа, а в 1830 году был отмечен высочайшим благоволением за то, что сумел организовать противостояние холере, свирепствовавшей в Поволжье.
В 1823 году Лобачевский подготовил к печати свой собственный курс геометрии, в котором изложение материала существенно отличалось от традиционного. Говоря, например, о знаменитом пятом постулате