17 января И. В. Сталин в ответ на это предложение Л. Д. Троцкого направил в ЦК письмо38, в котором показал, что его предложения базируются на ошибочных представлениях о существовавшем хозяйственном аппарате: «Тов. Троцкий пишет о "самостоятельной Коллегии Замов" как об одном из руководящих и объединяющих органов в центре. Я утверждаю, что никакой самостоятельной Коллегии Замов, яко бы руководящей и проч., нет и не бывало. Есть Финкомитет, как один из объединяющих органов в центре, но он как по составу, так и по характеру своей работы, не имеет ничего общего с тем, что представляется тов. Троцкому, как Коллегия Замов». И. В. Сталин подтвердил, что предложение «об упразднении Финкомитета и превращении СТО из междуведомственной согласительной комиссии в надведомственную руководящую хозяйственную комиссию СНК» является «основным» в его плане.
Госплан должен был давать «заключения» для СТО или «разрабатывать задания» по его поручению. Совет Труда и Обороны, а не Госплан должен был стать «единственно руководящим и объединяющим органом по плановому хозяйству». Вместе с тем он выразил согласие с Л. Д. Троцким о необходимости большего учёта интересов промышленности при решении всех проблем народного хозяйства, но, как и В. И. Ленин, предложил варианты, идущие вразрез с намерениями Троцкого и развивающие свой собственный план: ввести в состав СТО «кроме Замов, ПредГосплана и Наркомфина» также и «представителя ВСНХ». Одновременно он подтвердил свое возражение «против совмещения в одном лице ПредВСНХ и ПредГосплана». При этом, вопреки соображениям Троцкого, Сталин полагал, что «количество Замов придётся не уменьшить… а увеличить, назначив ещё двух Замов: т. Троцкого и от Украины». Ввиду отказа Троцкого принять на себя обязанности заместителя председателя СНК с поручением курировать ВСНХ, Сталин предложил другой вариант: назначить Троцкого «одновременно» «либо Замом ПредСНК и Председателем ВСНХ», либо «Замом ПредаСНК и Председателем Госплана».
20 января Л. Д. Троцкий ответил на письмо И. В. Сталина своим39, в котором снова на первый план выдвинул критику работы института заместителей председателя СНК, а также предложения Сталина об увеличении их количества, на том основании, что каждый из них загружен множеством обязанностей.