Православие в Подкарпатской Руси продержалось до конца XVIII века, явив миру имена выдающихся исповедников веры. Так в 1735 г. в Хустском замке был замучен до смерти последний закарпатский православный епископ Досифей (Феодорович). Но и после этого Православие продолжало тайно, в подполье, сохраняться в крае. Несмотря на то, что официально власть принадлежала лишь греко-католическим епископам, местное население нередко продолжало обращаться за требами к священникам соседней Румынии, тайно читало запрещенные православные книги. Так продолжалось до начала ХХ века.[19]
В период пребывания чешских и словацких земель в составе Австрийской (Австро-Венгерской) империи Православие там фактически не существовало. Тем ни менее кирилло-мефодиевская традиция вошла в чешский и словацкий католицизм, а в XIX веке стала частью национального возрождения. Именно к этой традиции обратились деятели чешского «католического модернизма» в поисках новых духовных ценностей, возникших на волне стремления к реформированию католицизма.
После многовекового перерыва первое православное богослужение на чешских землях состоялось во время Славянского съезда в Праге 1848 г. Его совершил сербский священник Павел Стаматович под открытым небом на Конном рынке (нынешняя Вацлавская площадь).[20] Усиленный интерес к Православию в Чехии появился со второй половины XIX века в среде чешских интеллигентов, преимущественно в высших политических и культурных слоях, в связи с началом национального возрождения. Этот интерес был также связан с идеей славянской общности, ставшей противовесом гнету со стороны австро-венгерских властей. В 1840-е гг. начался обсуждаться вопрос о возможности появления в Праге православной церкви, – об этом, в частности, говорилось в переписке настоятеля российской посольской церкви в Вене протоиерея Михаила Раевского и известного чешского общественного деятеля А. Ганки.
Важнейший вклад в возрождение Православия на чешских землях во второй половины XIX–XX веках внесла Русская Православная Церковь. В 1867 г. в Москве состоялась Всероссийская этнографическая выставка и Славянский съезд. В этих мероприятиях участвовала чешская делегация, возглавленная известным ученым-историком Ф. Палацким и видным общественным деятелем Ф. Ригером. В результате их переговоров с властями стало возможным переселение чешских эмигрантов в Российскую империю. В 1868–1874 гг. более 15 тысяч человек переселилось из Чехии на Волынь, где в дальнейшем большинство переселенцев приняло Православие.
В 1870 г. Первый Ватиканский собор провозгласил догмат папской непогрешимости, против которого среди католиков, в том числе чешских,