В начале XX столетия произошло национальное пробуждение восточнославянского, близкого к украинцам и русским, народа русины (карпатороссы), проживавшего в Подкарпатской Руси (Закарпатской Украине) и восточной части Словакии. Этот процесс сопровождался переходом греко-католиков (униатов) в Православие. В его возрождении активно принимали участие сначала Российская Церковь, а в 1920-е гг. русские эмигранты.
После образования в 1918 г. независимой Чехословакии около полумиллиона человек покинули Католическую Церковь и 8 января 1920 г. основали Национальную Чехословацкую Церковь. Один из ее руководителей – бывший католический священник Матфей (Матей) Павлик после принятия монашеского пострига с именем Горазд был хиротонисан в Белграде 25 сентября 1921 г. Сербским Патриархом Димитрием во епископа Чешско-Моравского. Однако вскоре в Национальной Чехословацкой Церкви победило либерально-радикальное (реформистское) течение, и епископ Горазд 21 июля 1924 г. покинул ее; вместе с ним ушли около 10 тыс. человек. В развитии Православия в стране значительную роль сыграли русские эмигранты.
В начале 1920-х гг. Чехословакия стала одним из основных центров российской эмиграции, в том числе церковной. Именно в Праге в ноябре 1919 г. возникла первая студенческая эмигрантская организация – «Союз русских студентов в Чехословакии». Правительство охотно принимало беженцев из России, развернув для них широкую программу помощи под названием «Русская акция». Именно Прага наряду с Парижем стала важнейшим центром Русского христианского студенческого движения (РСХД). Возникшие в Чехословакии русские православные общины (кроме монастыря прп. Иова в Словакии) подчинялись управляющему русскими приходами в странах Западной Европы митрополиту Евлогию (Георгиевскому), до 1930 г. состоявшему в юрисдикции Московского Патриархата, а в 1931 г. перешедшему в Константинопольскую Церковь. Непосредственно эти общины окормлял епископ Бельский Сергий (Королев).
В первой половине 1920-х гг. в Чехословакии были созданы две церковные юрисдикции, к которым принадлежали православные чехи – Сербской и Константинопольской Церквей. После заключения в 1924 г. правительствами Чехословакии и Югославии договора, решившего вопрос в пользу юрисдикции Сербского Патриархата, почти вся православная паства перешла под омофор епископа Горазда.
В 1929 г. епископ Горазд завершил организацию своей епархии, добившись признания 6 июня чехословацким правительством Православной Церкви в Чехии и Моравии в качестве юридической организации с утверждением ее устава. 22 сентября 1929 г. на очередном собрании Чешской религиозной православной общины, ставшем первым епархиальным собранием, было объявлено о создании Чешской православной епархии и выбраны ее руководящие органы. Согласно переписи 1930 г. в Чехословакии уже насчитывалось 145, 5 тысяч православных. В конце 1920-х гг. в Закарпатье и Словакии была создана Мукачевско-Пряшевская епархия Сербской Церкви. Однако в 1939 г. при разделе этих земель подавляющая часть епархии временно отошла к Венгрии. Возглавлявший епархию епископ Владимир (Раич) был отстранен от управления и 19 июля 1941 г. выслан в Сербию.
До 1941 г. Чешская епархия находилась в юрисдикции Сербского Патриархата, хотя была тесно связана с русскими общинами. В годы II Мировой войны эта епархия, как и общины епископа Сергия, вошли в состав Средне-Европейского митрополичьего округа Русской Православной Церкви за границей. Особенно большая помощь чешским православным верующим была оказана русским духовенством после разгрома в 1942 г. Чешской и Моравской епархии гестапо, в связи с укрывательством в православном соборе Праге борцов сопротивления, смертельно ранивших рейхспротектора Богемии и Моравии Рейнхарда Гейдриха. Декретом рейхспротектора от 26 сентября 1942 г. та часть Православной Церкви Протектората, которую возглавлял епископ Горазд, была запрещена, ее храмы закрыты и разграблены, имущество конфисковано в пользу III рейха, все священники и многие миряне отправлены в концлагерь или на принудительные работы в Германию. Часть чешских православных общин сохранилась в подполье.
В 1944–1945 гг. при русских храмах в Судетах проживало несколько групп православных архиереев и сопровождавших их лиц, эвакуированных с оккупированной территории СССР и из Югославии, в том числе в Карловых Варах – Архиерейский Синод Русской Православной Церкви за границей во главе с митрополитом Анастасием (Грибановским).
В 1945–1946 гг. уже Московская Патриархия помогла возрождению и становлению Чехословацкой Православной Церкви. 10 января 1946 г. в Москву прибыла делегация Чешской епархии во главе с епископским администратором протоиереем Честмиром Крачмаром. Он высказала просьбу Патриарху Алексию о принятии епархии в юрисдикцию Московского Патриархата. 14 января Первосвятитель дал принципиальное согласие, начались переговоры с Сербским Патриархатом. 2 апреля 1946 г. главой учрежденного в Чехословакии экзархата Русской Церкви с титулом архиепископа Пражского и Чешского был назначен Владыка Елевферий (Воронцов). Окончательно Сербская Православная Церковь отпустила Чешскую епархию в юрисдикцию Московского Патриархата решением своего Архиерейского Собора от 15 мая 1948 г.
23 ноября 1951 г. Русская Православная Церковь даровала