Из воспоминаний внука Евгения Шмидта-Очаковского: "Бабушка, вся жизнь которой была сплошным подвигом и страданием, умерла в страшных мучениях, от рака в груди, оставив мужу троих детей – отца и двух его старших сестер, Марию и Анну (первые дети бабушки, дядья Петр и Яков, умерли до рождения отца, едва достигнув отроческого возраста)".
Умерла Екатерина Яковлевна 29 декабря 1877 года в возрасте всего 42 лет, и была похоронена на городском кладбище. Как защитнице Севастополя ей при погребении был отдан прощальный ружейный салют. Весьма редкий случай в истории дореволюционной России, когда воинским салютом провожали в последний путь женщину-героиню. Могила Екатерины Яковлевны сохранилась до наших дней.
Младшая сестра Анна Петровна Избаш вспоминала: «Я помню, как Петя рыдал все три дня до ее похорон, рыдал безутешно, не успокаиваясь ни на одну минуту. После смерти матери любовь и ласку ее старалась заменить нам сестра Мария. Эта 16-летняя девочка создала особенную, исполненную грусти и доброты обстановку нашего сиротства. Эта обстановка не могла не отразиться на впечатлительном мальчике». Вполне возможно, что именно это событие и стало отправной точкой в психической неустойчивости нашего героя.
Из воспоминаний сына: "Десяти лет от роду отец лишился матери, и эта потеря наложила неизгладимый след на все его дальнейшее существование. Могу сказать с полной уверенностью, что, потеряв мать, он на всю жизнь остался одиноким".
Что касается Петра Петровича Шмидта, то он оказался вдовцом с тремя детьми на руках. При этом необходимо добавить, что стенания многих авторов на «несчастное детство» Петеньки Шмидта безосновательны. Разумеется, смерть матери наложила свой отпечаток. Но у Пети была заботливая старшая сестра, заботливый отец. Кроме этого семья губернатора города, разумеется, никогда не испытывала никаких материальных проблем, имела хороший дом и прислугу.
Из воспоминания Евгения Шмидта-Очаковского: "Незадолго до своей смерти дед оставил службу и переехал в Одессу, где поселился в доме своей покойной жены, бабушки Екатерины Яковлевны, умершей в Бердянске в 1877 году, 42-х лет… 56-ти лет от роду дед женился вторично на перезрелой 35-летней деве, Ольге Николаевне Бутеноп, оказавшейся для детей от первого брака мачехой в полном смысле этого слова. Дед, почти впавший в детство и снедаемый страшной болезнью (раком в горле), сведшей его, в конце концов, в могилу, вполне подчинился влиянию своей второй жены.
Мачехе разными грязными махинациями удалось прибрать к рукам наследство бабушки Екатерины Яковлевны, опекуном которого, до совершеннолетия