В 1919 году Сотонин становится преподавателем экспериментальной психологии и эстетики в Казанском университете. Он читает ряд курсов по психологии, эстетике, экспериментальной педагогике и т. п. Слушателями этих курсов были студенты факультета общественных наук (ФОН). Осенью 1922 году этот факультет был объединён с Казанским педагогическим институтом и Восточной академией. Результатом объединения стал Восточно-педагогический институт (ВПИ), созданный с целью подготовки учителей по родному языку, литературе, культуре и этнографии местных народов. В 1920-ые годы Сотонин возглавлял психологический отдел Академического центра Наркомпроса республики и преподавал в Восточно-педагогическом институте. Кроме этого, он руководил психотехническими лабораториями ВПИ и КИНОТ. В 1931 году ВПИ переименовывается в Татарский педагогический институт, а с 1934 года в Казанский государственный педагогический институт.
Константину Сотонину удаётся успешно сочетать преподавательскую и научную деятельность. Результатами его работы становятся такие книги, как «Идея философской клиники (Введение в систему философии)» (Казань, 1922), «НОТ как философия трудящихся масс» (Казань, 1924) и «Сократ. Введение в косметику» (Казань,1925). Знакомство с ними позволяет говорить о Сотонине как о вполне сложившемся мыслителе. В 1928–1929 гг. Сотонин публикует в «Вестнике КИНОТ» ряд статей о своей методике исследования внимания, о своей системе нотной записи рабочих движений, о методике исследования остроты слуха и количества шума в помещении, об эргологическом анализе и т. д. Предпринятый Сотониным анализ существовавших в то время методов исследования утомления, позволил ему сформулировать своё понимание проблемы, что сегодня можно оценить как оригинальный вклад в создание теории утомления. В то время КИНОТ, директором которого был И. М. Бурдянский, уже имел определённую международную известность. Научные разработки этого учреждения получили высокую оценку зарубежных специалистов, в частности в Международном институте НОТ в Женеве и швейцарском Бюро профессиональной ориентации.
В 1929 году государственные и партийные органы, общественные организации Татарской АССР перешли к политике вытеснения и ликвидации религии, причём осуществляли такую политику не только пропагандистскими, но и насильственными методами. В ноябре 1929 года Татарским отделом ОГПУ в Казани было арестовано несколько человек, являвшихся членами нелегального политико-философского кружка. В качестве руководителя этого кружка был арестован и Константин Сотонин. Арест Сотонина вызвал в республиканской прессе ряд публикаций, «разоблачающих» его взгляды: прежде всего, критике подверглась концепция философской клиники. Воззрения Сотонина характеризовались как «полубезумный бред», а он сам представал как вообразивший себя вторым Сократом «обыватель, проделавший всевозможные эксперименты над попавшими по его влияние людьми, ломая их психику и доводя их до самоубийства».