2 февраля 1800 Петр Хрисанфович Обольянинов был назначен генерал-прокурором Правительствующего Сената. 11 марта 1801, в ночь убийства Павла I, П. Х. Обольянинова арестовали. Через пять дней отправлен в отставку. В течение последующих 17 лет он проживал в Москве, где дворяне трижды избирали его своим предводителем.
П. Х. Обольянинов скончался 22 сентября 1841; погребен в селе Толожне Новоторжского уезда Тверской губернии.
По словам современников, при нем дела в прокуратуре «пошли хуже прежнего»; произвол водворился окончательно и над людьми, и в деловых решениях. Однако сотрудников себе он подбирал умных и толковых, которые и тянули основные вопросы.
По мнению современников, «время было самое ужасное». Усилились цензурные репрессии, подозрительность. По заданию генерал-прокурора (полученному, естественно, от самого императора) за многими важными сановниками, подозреваемыми в нелояльности, устанавливалась слежка. В частности, «наблюдение за поведением» велось за сыном знаменитого фельдмаршала Николаем Румянцевым, за бывшими любимцами монарха братьями Александром и Алексеем Куракиными, князьями Долгоруковым и Голицыным, графами Кириллом и Андреем Разумовскими и другими. Обольянинов предписал своим подчиненным прокурорам «доносить по службе о самых главных чиновниках в губерниях», надзирать за иностранцами и тщательно «сверять их подорожные с маршрутом» (не завернули ли они, куда не следует), проверять «переписку и сочинения из чужих краев» и т. п.
Обо всем этом они должны были информировать его постоянно. Вот только один из указов, направленных на места.
Так как чрез вывозимые из-за границы разные книги наносится разврат веры, гражданского закона и благонравия, то отныне, впредь до указа, повелеваем запретить впуск из-за границы всякого рода книг, на каком бы языке оные не были, без изъятия, в государство наше, равномерно и музыку.
Тайная экспедиция, которой по-прежнему руководил генерал-прокурор, выносила приговоры, напоминающие «самые темные страницы русской истории». Здесь засекали даже насмерть. Такая участь постигла, например, братьев Петра и Евграфа Грузиновых.
По указу его императорского величества самодержца Всероссийского… по предложению господина генерала от инфантерии, генерал-прокурора и генерал-провиантмейстера