Вторая волна колонизации началась с прибытием в Малую Азию ахейских племен. Это уже XV–XIII вв. до н. э. Ахейцы не только занимали критские поселения, как это случилось в Милете или на Хиосе, но и основывали собственные.
Массовое переселение ионийцев в Малую Азию начинается в XII–XI вв. до н. э. Дорийское завоевание спровоцировало новую волну миграции, и тысячи людей устремились из Балканской Греции на восток. Согласно преданиям, ионийцы так назывались по имени легендарного афинского царя Иона, внука царя Фессалии Эллина. Всего же было четыре племени – ионийцы, эолийцы, ахейцы и дорийцы. Впрочем, не надо думать, что в колонизации западного побережья Анатолии принимали участие исключительно ионийцы, вместе с ними туда устремились и представители других племен. Как и ахейцы, ионийцы не только занимали минойские и ахейские поселения, но и строили новые. Страбон перечисляет 12 ионийских городов: Милет, Миунт, Лебедос, Колофон, Приену, Теос, Эрифры, Фокею, Клазомены, Хиос, Самос и Эфес, который географ называет «царской столицей ионийцев» (XIV, I, 3). Впрочем, Павсаний в этот список добавляет Смирну, но почему-то считает его двенадцатым городом, а не тринадцатым, хотя он и был захвачен силой у соседей: «Смирну, один из 12 эолийских городов, лежащий на том самом месте, где еще и в мое время находился город, называемый Старым городом, эту Смирну ионяне, двинувшись из Колофона, отняли у эолян и ею завладели; впоследствии ионяне разрешили жителям Смирны участвовать в собрании в Панионийском центре» (VII, 5, 1). Впрочем, в VII веке до н. э. Смирна будет разрушена войсками лидийского царя Алиатта и количество ионийских городов вновь станет двенадцать.
Геродот в буквальном смысле слова пропоет похвалу Ионии, а заодно обратит внимание на лингвистические особенности местных наречий. Судите сами: «Те ионяне, которым принадлежит Панионий, основали свои города под таким небом и в таком климате, благодатнее которых мы не знаем ни в какой другой стране. С Ионией не могут сравниться ни страны, лежащие выше и ниже ее, ни те, что лежат на восток от нее или на запад: одни страдают от холода и сырости, другие от жары и засухи. Ионяне говорят не на одном и том же языке, но на четырех наречиях. Первым из этих городов на юге лежит Милет, за ним следуют Миунт и Приена; все три города находятся в Карии, и жители их говорят одним и тем же языком. В Лидии находятся следующие города: Эфес, Колофон, Лебед, Теос, Клазомены, Фокея. Говоря между собой на одном и том же языке, они с прежде названными городами не имеют по языку ничего общего. Из трех остальных ионийских городов два лежат на островах