Не только надземные части плодовых и ягодных растений влияют друг на друга, но и их корневые системы могут конкурировать из-за ресурсов и площади расположения. Вообще, корневые системы плодовых и ягодных пород имеют несколько функций: якорная, так как корневая система удерживает дерево в почве в необходимом для нормального роста положении; функция питания, запаса питательных веществ и влаги, необходимые для нормальной жизнедеятельности растения в теплые и холодные периоды.
Корни появляются и начинают активно развиваться после прорастания семечка и продолжают развиваться всю жизнь растения. Основная масса корней у плодово-ягодных культур относится к типу всасывающих, поэтому имеют длину около 5 мм. Растение на протяжении своей жизни переживает отмирание концов осевых корней, коротких боковых корней сначала на главном, стержневом корне, затем на более длинных ответвляющихся корнях. Поэтому за весь вегетационный период у дерева отмирает около миллиона корней. Таким образом, разветвленная корневая система одного растения может конкурировать с системой другого растения. Этого допустить нельзя, поэтому в непосредственной близости можно располагать растения, в которых корневая система расположена на разных уровнях. Например, можно сочетать деревья, у которых корни уходят глубоко в землю на 1,5–2 м, с кустарниками вроде смородины, у которых корневая система расположена в верхнем слое на глубине не более 30–40 см.
Существует еще один немаловажный фактор, который оказывает непосредственное влияние на развитие плодовых культур – это накопление вредителей и специфических заболеваний. Плодовые растения из семечковых, косточковых и других биологических групп имеют различных возбудителей болезней и вредителей. С годами инфекция накапливается в почве, поэтому при посадке следует учитывать то, какие породы росли на этом месте до того. Например, нельзя высаживать малину в то же место, где она росла раньше на протяжении многих лет. То же самое правило касается и всех видов смородины. Поэтому при высадке их нужно выбрать другое место, подходящее по характеристикам. Не возбраняется менять местами различные плодовые и ягодные культуры. Например, там, где раньше росла слива, можно высадить грушу, а на месте вишни посадить яблоню. Кстати говоря, молодые яблоньки нельзя высаживать на то место, где росла старая яблоня. Вообще фруктовые деревья не рекомендуется сажать там, где до этого росла ольха, ива или осока. Но не возбраняется сажать их на месте клена, шиповника, дикой груши или рябины.
Кроме того, многие плодово-ягодные растения могут иметь предрасположенность к нападению одних и тех же вредителей и заболеваний, вследствие чего при заражении одного растения