19 июля 1940 г. он избирается председателем президиума Верховного совета Карело-Финской ССР. 16 октября 1952 г., на XIX съезде ВКП (б), О. В. Куусинен был избран членом Политбюро уже Коммунистической партии Советского Союза (КПСС – решение об изменении названия партии также было принято этим съездом).
В дальнейшем, в июне 1957 г., он будет избран секретарем ЦК КПСС. Важно подчеркнуть, что Куусинен считался одним из видных теоретиков научного коммунизма, был соавтором и редактором фундаментального учебника «Основы марксизма-ленинизма» (1959 г.), впоследствии переведенного на многие языки, в котором рассматривались важнейшие проблемы интерпретации теории научного коммунизма.
И, наверное, это общение немало дало для становления и воспитания личности молодого комсомольского секретаря.
Совместная работа, непосредственное общение с таким авторитетным руководителем, как Отто Вильгельмович Куусинен, без сомнения, были хорошей школой для Андропова, да и проявленные последним личные и деловые качества позволили, несмотря на немалую разницу в возрасте, завязаться крепкой дружбе между ними.
В Петрозаводске в 1941 г. Андропов женился на Татьяне Филипповне Лебедевой, которая подарила ему сына и дочь.
В годы Великой Отечественной войны, помимо руководства комсомольскими организациями республики, Ю. В. Андропов курировал работу комсомольских подпольных организаций, групп и партизанских отрядов на территории, временно оккупированной финскими войсками, имея партийный псевдоним Могикан.
25 апреля 1943 г. секретарю ЦК ЛКСМ Карелии Андропову была направлена телеграмма Председателя Государственного Комитета Обороны И. В. Сталина с благодарностью молодежи республики за сбор средств для Красной армии.
В конце 1943 г. первый секретарь ЦК ВЛКСМ Н. А. Михайлов просил перевести Андропова на пост первого секретаря комсомола Украины, однако секретарь ЦК КП К-ФССР Г. Н. Куприянов согласия на этот перевод не дал. Оргбюро ЦК ВКП (б) поддержало решение руководства Карело-Финской Республики.
Трудовая деятельность Андропова в годы Великой Отечественной войны была отмечена медалями «Партизану Отечественной войны» I степени, «За Победу над Германией», «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.».
3 сентября 1944 г., после заключения Финляндией перемирия с СССР и вывода финских войск с оккупированных территорий, Ю. В. Андропов утверждается вторым секретарем Петрозаводского горкома ВКП (б). На этом посту ему пришлось заниматься возрождением разрушенного войной города, а с 10 января 1947 г., после избрания его в должности второго секретаря ЦК компартии – и республики в целом. Для примера отметим, что численность населения Карелии в 1945 г. составляла лишь 17 % от довоенного периода.
В 1946–1951 гг. Андропов заочно учился на историко-филологическом факультете Петрозаводского