В Москве Роман Андреевич оставался до начала весны следующего года.
В феврале 1942 г. встал вопрос о направлении Руденко в Прокуратуру Украинской ССР на должность заместителя Прокурора республики, вместо Ф. А. Беляева, поставленного Прокурором Узбекской ССР. Наверное, это было сделано не без инициативы тогдашнего первого секретаря ЦК компартии Украины Н. С. Хрущева, хотя официально вопрос согласовывался с секретарем республиканского ЦК Спиваком. 25 февраля 1942 г. Прокурор СССР В. М. Бочков обратился с соответствующей просьбой к секретарю ЦК ВКП(б) Г. М. Маленкову. В союзном ЦК партии не возражали, и 12 марта 1942 г. Бочков издал приказ о назначении Руденко заместителем Прокурора Украинской ССР по общим вопросам.
Аппарат Прокуратуры Украины, большая часть территории которой была оккупирована, располагался в то время в Ворошиловграде. При невеликом штате – всего 23 человека вместе с техническими работниками – задач по прокурорскому надзору непочатый край – выполнение оборонных заказов, ремонт боевой техники, строительство оборонительных сооружений и т. д. В числе главных направлений работы было также укрепление трудовой дисциплины и предупреждение эпидемических заболеваний. Работникам прокуратуры приходилось выезжать в прифронтовые районы, помогать районным прокурорам. Добираться до места обычно приходилось на попутных машинах, а то и пешком.
В конце июля 1942 г. военная обстановка осложнилась и советские войска полностью оставили Украину. На территории РСФСР продолжила деятельность оперативная группа Прокуратуры республики во главе с исполняющим обязанности Прокурора Украины Р. А. Руденко.
В 1943 г. началось освобождение украинской земли, которое было завершено в октябре 1944 г. Оперативной группе Прокуратуры УССР предстояло восстановить все звенья прокурорского надзора. В начале 1943 г. группа базировалась в очищенных от врага районах Ворошиловградской области, затем – Харьковской, а с августа 1943 г. – в самом Харькове.
23 июня 1943 г. Р. А. Руденко назначается на пост Прокурора Украинской ССР, сменив Л. И. Яченина, находившегося в Красной армии на должности прокурора фронта.
Забот у руководителя прокуратуры второй по величине советской республики, серьезно пострадавшей от фашистского нашествия, было предостаточно. Прокурорский надзор был направлен на выполнение директив правительства о восстановлении народного хозяйства, соблюдение прав военнослужащих и членов их семей, инвалидов войны, трудящихся предприятий и колхозов, борьбу с детской беспризорностью. Р. А. Руденко лично возглавил работу по расследованию фактов злодеяний, бесчинств и террора нацистов против мирных жителей. Собранные по этому вопросу материалы передавались в созданную правительством СССР Чрезвычайную государственную комиссию.
Незадолго до освобождения Киева, 4 октября 1943 г., Руденко своим приказом создал специальную группу. В приказе говорилось: «1. Группе войти