В декабре 1773 года на подавление восстания был двинут отряд генерал-аншефа Александра Бибикова численностью в 6500 солдат и офицеров при 30 орудиях. Бибиков разбил отряды повстанцев под Самарой, Кунгуром и Бузулуком и двинулся к Оренбургу.
В это трудное для Пугачева время Шванвич, в противоположность другим офицерам-дворянам, оказавшимся в рядах повстанцев, сохранял верность самозванцу.
В феврале 1774 года Шванвич из есаулов был произведен в атаманы и командиры солдатского полка вместо Волженского, казненного пугачевцами за подготовку «изменниче'ского действа»: Волженский и еще один бывший офицер, Остренев, решили заклепать пушки бунтовщиков и тем самым вывести их из строя. Их разоблачили и приготовили к повешенью. После казни Волженского и Остренева атаман Шванвич командовал всеми солдатами, согласившимися служить Пугачеву, и таким образом оказался в одном ряду с другими пугачевскими атаманами и полковниками. Закончил же он свою карьеру в армии Пугачева секретарем Военной коллегии – высшем органе руководства повстанческим войском. В марте 1774 года отряды Пугачева были разбиты под крепостью Татищевой, и, узнав об этом, Шванвич бежал в Оренбург и сдался на милость губернатора Рейнсдорпа.
По иронии судьбы, Рейнсдорп учился в Академической гимназии у деда Шванвича и был хорошо им аттестован. Рейнсдорп, не вдаваясь в подробности о службе Шванвича у Пугачева, снова привел его к присяге и отправил служить в отряд князя Голицына. Однако князь, узнав о службе Шванвича у бунтовщиков, велел посадить его в тюрьму.
17 мая на допросе в Оренбурге Шванвич заявил, что служил Пугачеву «из страха, боясь смерти, а уйти не посмел, ибо, если бы поймали, то повесили».
…Пугачевские войска были разгромлены летом 1774 года, когда против повстанцев выступили 20 пехотных и кавалерийских полков, казачьи части и отряды добровольцев-дворян. Общее руководство войсками осуществлял генерал-аншеф Петр Иванович Панин, один из лучших полководцев российской армии. А 2 сентября в Царицын в распоряжение Панина прибыл генерал-поручик Александр Суворов.
Разве мог устоять Пугачев против такой силы?
Он заметался в разные стороны, а потом бежал в заволжские степи. Люди из его окружения, которым он более всего верил, спасая собственные жизни, предали своего атамана. Пугачев был ими схвачен, повязан, пленен и в ночь с 15 на 16 сентября доставлен в Яицкий городок.
Затем Пугачева с женой Софьей и сыном Трофимом под конвоем двух рот пехоты, двух сотен казаков и при двух орудиях повезли для дальнейших допросов в Симбирск.
Самого Пугачева везли в железной клетке, показывая стекавшимся к дороге людям. Командовал конвоем сам Суворов.
Рано утром 4 ноября Пугачева ввезли в Москву и докрашивали в течение трех месяцев. 31 декабря 1774 года