КГБ не удалось вскрыть и плана Пиночета по осуществлению военного переворота в Чили. Хотя в конце августа 1973 г. будущий диктатор в качестве министра обороны Чили посетил СССР, где на Высших командных курсах «Выстрел», по-видимому, дал личные гарантии безопасности обучавшимся в СССР чилийским офицерам – после переворота 11 сентября почти все они выехали на родину.
Как и его предшественникам на посту председателя КГБ, Андропову приходилось сталкиваться и с фактами предательств разведчиков и сотрудников других подразделений КГБ СССР.
В октябре 1971 г. в Брюсселе попросил политического убежища в США майор ГРУ А. Чеботарев, чуть ранее завербованный бельгийской службой безопасности Сюрте. Однако уже через несколько месяцев он пришел в советское посольство в Вашингтоне с просьбой помочь ему вернуться на Родину. Доставленный в Москву, на первой же беседе с начальником ГРУ П. И. Ивашутиным в присутствии начальника управления «К» (внешней контрразведки) ПГУ КГБ О. Д. Калугина Чеботарев подробно рассказал об обстоятельствах своей вербовки и побега в США, изъявив желание активно помогать следствию.
В докладной записке в ЦК КПСС по этому делу, подписанной Ю. В. Андроповым и П. И. Ивашутиным, предлагалось по завершении суда над Чеботаревым в связи с его добровольной явкой с повинной и активной помощью следствию ходатайствовать перед Верховным Советом СССР о его помиловании, а также об оказании ему помощи в трудоустройстве по специальности после освобождения (Чеботарев был освобожден через 6 месяцев после объявления приговора).
Следует особо подчеркнуть, что эта позиция полностью соответствовала части 2 статьи 64 УК РСФСР, введенной в Уголовный кодекс РСФСР еще 25 июля 1965 г.
В этой записке также содержалось реализованное впоследствии предложение довести до сведения всех сотрудников разведки КГБ и ГРУ, что не будут подвергаться уголовному наказанию лица, совершившие ошибки и даже преступления при исполнении служебных обязанностей, если они честно признаются в содеянном и нанесенный их действиями ущерб будет иметь локальный характер.
Еще одним фактическим провалом в годы руководства КГБ Андроповым можно считать многолетнюю нераскрытую преступную деятельность архивиста ПГУ В. Н. Митрохина, который, пользуясь бесконтрольностью при подготовке перевода оперативного архива разведки с «Лубянки» в новую штаб-квартиру в Ясеневе, делал выписки из многих сообщений резидентур. В феврале 1992 г. Митрохин бежал в Великобританию через территорию Латвии, а впоследствии передал свой «архив» СИС.
Разумеется, измены сотрудников КГБ тяжело отражались на проводимых операциях, а каждый такой факт «по максимуму» использовался спецслужбами не только для высылки сотрудников