После смерти Донского его приемники на московском престоле продолжили работу по организации централизованной спецслужбы, в которой бы сочетались функции обеспечения личной безопасности государя, его семьи и «охранения Великого княжества». С этой целью в 1555 году из состава «Боярской избы» была выделена в отдельную структуру «Разбойная изба». В дальнейшем ее преобразовали в «Разбойный (татейный) приказ». На него возлагалось проведение сыска и следствия по делам «разбойного, душегубного характера», а также по лицам, «заподозренным в государевой измене».
Во времена правления царя Ивана IV – Ивана Грозного процесс формирования спецслужбы получил дальнейшее развитие. 5 января 1565 года он создал Особый корпус опричной стражи. На него также возлагались задачи: личной охраны, учинения сыска и расправы над лицами, заподозренными в государевой измене. Первоначально в его состав входило около 1000 «служилого люда». Во главе Особого корпуса был поставлен А. Басманов, пользовавшийся полным доверием царя. Опричники стали опорой для Ивана Грозного в борьбе с представителями старинных боярских родов, в подавлении междоусобиц и крамолы. Пощады не было ни к кому. Басманов казнил даже собственного сына, заподозренного в измене. Летучие отряды опричников рыскали по царству и каленым железом выжигали крамолу. Для большего устрашения они привязывали к седлу собачью голову и метлу, демонстрируя этим, что грызут «государевых изменников» и выметают измену. «Слово и дело государево», произнесенное опричником, было равносильно приговору для заподозренного в крамоле или государевой измене.
Со смертью Ивана Грозного прекратили свое существование династия Рюриковичей, а вместе с ней и Особый корпус опричной стражи. Трон государя московского лишился опоры, Великое княжество на целых 15 лет погрузилось в Смутные времена и подверглось «невиданному разорению». Оно закончились 7 (17) февраля 1613 года когда по «всенародному волеизъявлению» на престол взошел первый из династии Романовых – Михаил. С его приходом стала возрождаться спецслужба.
Настоящий ее расцвет наступил с воцарением на престол в 1645 году Алексея Романова, прозванного современниками «Тишайшим» за спокойный нрав. Трагические для судьбы династии Рюриковичей и российского государства, уроки Смутного времени привели молодого царя к твердому убеждению: личная безопасность и безопасность государства неразделимы. Именно он заложил ее фундаментальные основы, которые с незначительными изменениями просуществовали почти триста лет.
От Особого корпуса опричной стражи к Приказу тайных дел
Продолжая традицию Ивана Грозного, относившегося с недоверием к боярской верхушке, царь Алексей Тишайший приближал к себе людей «худородных»