Первым командующим флотом при Наполеоне контр-адмирал Франсуа Поль де Брюейс. Потомственный граф адмирал Франсуа Поль де Брюейс (1753–1798) – французский адмирал, участник революционных и наполеоновских войн. Начал службу в 13 лет волонтёром. В 1780–1783 годах лейтенантом участвовал на корабле «Le Terrible» в эскадре адмирала де Грасса в пяти сражениях с британским флотом.
В 1796 году он получил звание контр-адмирала и получил в командование эскадру, с которой, будучи подчинён Бонапарту, как главнокомандующему французской армией в Италии, занимался перевозкой войск на Ионические острова и их снабжением. При подготовке экспедиции в Египет, Брюейсу было поручено командование флотом, прикрывающим транспорты с войсками. На пути в Египет флот участвовал во взятии Мальты.
После высадки войск в Александрии Брюэс, вопреки мнениям большинства командиров, перешёл вместе с флотом в Абукирскую бухту, где и был настигнут британской эскадрой под командованием адмирала Горацио Нельсона. Произошёл бой, в ходе которого французский флот был разбит. Брюэс, бывший на корабле «L’Orient», дважды раненый, умер на своем посту через 3 часа после начала боя.
Следующим командующим французским флотом стал Пьер-Шарль де Вильнёв, получил звание контр-адмирала, в 1804 год, а при императоре Наполеоне получает высший титул. Пьер Шарль Жан-Бабтист Сильвестер де Вильнёв (1763–1806) родом из старинного дворянского года. В 15 лет он поступил в Королевский флот. Участвовал в войне за Независимость США. В 1786 году произведен в звание лейтенанта флота и переведен в распоряжение Средиземноморского флота. В этом же году встретил Французскую революцию и был подвергался репрессиям, но остался верен Франции. Он поступил в Республиканский флот. Благодаря нехватке кадров, начинается его быстрое продвижение по служебной лестнице. Во время революции после звания лейтенанта через семь лет он уже капитан первого ранга, а через три года уже контр-адмирал.
В 1798 году Вильнёв в чине контр-адмирала командующего арьергардом французского флота принимал участие Абукирском сражении. Деятельность Вильнёва в этом сражении отличается полной безучастностью. Пользуясь покровом ночи, Вильнёву удалось увести четыре корабля и отвести их на Мальту и отдать английским властям. Даже бегство Вильнёва с Абукира не помешало Наполеону повысить беглеца в звании и поручить командование объединённым франко-испанским флотом в 1804 году. Затем последовало Трафальгарское сражение и очередное поражение адмирала. Он попал в плен, а через год был выпущенный англичанами и вернулся во Францию. Пьер-Шарль де Вильнёв погиб 1806 года на севере Франции при странных обстоятельствах. До сих пор историки спорят о