Узбекская толпа подошла и атаковала студенческие общежития ОГПИ по ул. Ленина. Затем двигалась вверх по ул. Ленина и Свердлова, постепенно следуя по кварталам города. Толпа киргизской молодежи, учиняя погромы, дошла до студгородка, оставив там студентов, обратно направилась в микрорайон ОПХБО.
После начала массовых беспорядков неизвестными лицами в количестве 30–40 человек была совершена попытка нападения на здание Ошского ГОВД, СИЗО № 5, УВД Ошского облисполкома, нападение отражено дежурными нарядами милиции с применением огнестрельного оружия.
К этому времени было задержано 35 активных участников погромов и массовых беспорядков.
Массовые беспорядки начались и в других районах области. 4.06 к 19 часам в с. Кара-Кульджа Советского района прибыли водители рейсовых автобусов, начавшие распространять среди жителей села слухи о происходящих в г. Оше физических расправах узбеков над киргизами. Один из водителей, по фамилии Абдукуров И., был вызван в здание РОВД для профилактической беседы. В это время у здания РОВД собралась толпа и потребовала отпустить Абдукурова.
Часть толпы захватила 4 автобуса местной автобазы и намеревалась выехать в г. Ош для оказания помощи киргизам. Принятыми мерами накалившуюся обстановку на время удалось нормализовать. Однако к 24 часам того же дня в с. Кара-Кульджа стали появляться киргизы, проживающие в Узгенском районе, которые распространяли слухи об избиениях в г. Узгене лиц киргизской национальности. Утром 5.06 с.г. на границе с Узгенским районом собралось большое количество жителей Советского района с намерением напасть на проживающих там узбеков. Настроение толпы активно подогревал Кочкоров К., бывший ответственный работник района. Несмотря на принятые меры, толпа примерно к 17 часам устремилась в г. Узген, совершая на своем пути погромы, поджоги и убийства лиц узбекской национальности. Общее количество прибывших в г. Узген на автомашинах и конным порядком жителей Советского района достигало приблизительно 1 тысячи человек. Первоначальный натиск прибывшей толпы узгенскими узбеками был отражен.
В течение 5–6 июня с.г. хулиганствующие и экстремистские элементы предприняли в с. Кара-Кульджа 8 попыток нападения на здание РОВД с целью захвата оружия, причем в первые ряды людской толпы ими выставлялись женщины. В местном отделении ДОСААФ ими были похищены винтовки. В ночь с 6 на 7 июня вооруженная часть экстремистов из числа киргизской национальности Советского и Узгенского районов совершила в с. Мирза-Аки убийства, изнасилование, грабежи и погромы местных жителей.
Примерно в 12.30 в г. Узген начали прибывать на автомашинах (в основном грузовых и автобусах