IX. 12-го, в 8 часов утра, порты и форты Мальты были переданы французским войскам. Было объявлено, что назавтра прибудет главнокомандующий. Но в час пополудни он высадился инкогнито, обошел крепостные стены, побывал во всех фортах и явился с визитом к великому магистру, чем сильно его озадачил. 13-го на рассвете эскадра вошла в порт. Это было великолепное зрелище. Триста судов встали на якорь без всякого беспорядка. В этом прекрасном порту могло разместиться втрое большее число судов. Склады Мальты были заполнены. На рейде стоял 64-пушечный линейный корабль ордена и еще один находился на стапелях. Чтобы увеличить количество легких судов флота, адмирал забрал две полугалеры и две шебеки. Он взял на эти суда матросов, служивших ордену. Триста турок, находившихся в качестве невольников на каторге, приодели и распределили по линейным кораблям. За армией последовал легион, составленный из батальонов, названных мальтийскими. Он был сформирован из солдат, служивших ордену. На службу13 поступили также гренадеры гвардии великого магистра и несколько рыцарей. Некоторые жители, говорившие по-арабски, пожелали быть прикомандированными к генералам и различным учреждениям.
Три роты ветеранов, составленные из всех старых солдат ордена, были отправлены на Корфу и на Корсику. В крепости имелось 1200 пушек, 40 000 ружей, 1 миллион фунтов пороха. Начальник артиллерии велел погрузить на суда все, что он счел нужным для пополнения и укомплектования материальной части. Эскадра запаслась водой и продовольствием. Склады ржи были очень велики, их содержимого хватило бы городу на три года. Фрегат «Сансибль» отвез во Францию трофеи и несколько редкостей, которые главнокомандующий отправил правительству. Генерал Барагэ д’Илье, который в силу непостоянства своего характера пожелал вернуться в Париж, получил разрешение на отъезд, причем ему было поручено доставить штандарт ордена. Все мальтийские рыцари – французы и итальянцы – получили паспорта для въезда во Францию