Как ни прискорбно говорить, но мятеж и резня были спровоцированы именно матросами, которые, не считаясь с накаленной обстановкой в городе, силой разоружили в порту несколько офицеров мусульманской «Дикой дивизии». Это вызвало волнения в дивизии и мусульманских кварталах. Представители дивизии явились в район базирования и проживания моряков Баилов, требуя вернуть оружие. Матросы отказались. Офицеры настаивали. Все еще можно было бы еще решить миром, но матросы открыли огонь из корабельных орудий по мусульманским кварталам. Одновременно помочь матросам «навести порядок» в городе решили и армянские боевики-дашнаковцы. Это и спровоцировало трехдневные погромы и уличные бои. На протяжении всех трех дней матросы вели артиллерийский огонь, как по штабу Дикой дивизии, так и по мусульманским кварталам и мечетям, в том числе и по знаменитой Девичьей башне. Согласно докладу Шаумяна в Москву, которое отвез секретарь Центрокаспия матрос В. И. Бойцов, в мартовских боях с обеих сторон участвовало более 20 тысяч человек, из которых более 3 тысяч погибло. Но и это не все – погромы перекинулись и провинцию. Всего было вырезано около 10 тысяч мусульман. Немало погибло и армян, т. к. ожесточение было взаимным. Справедливости следует отметить, что в расположении флотилии нашли свое спасение много азербайджанских женщин и детей.
Что касается Шаумяна, то он цинично оценивал результаты резни, как… «блестящие для нас». В принципе, после «победы» армян, власть большевиков и левых эсеров в Баку действительно окрепла. Однако негативные последствия заключались в том, что мусульмане Баку полностью отвернулись от Советской власти. Теперь все симпатии азербайджанцев были на стороне продвигавшихся к Баку турок. Кроме этого мусульмане Дагестана, в отместку, перекрыли пути снабжения хлебом Баку из Кубани и Ставрополья, что сразу создало острую продовольственную проблему в городе.
25 апреля 1918 года власть в Баку окончательно перешла в руки большевиков. Был сформирован Совет Народных Комиссаров Бакинской Коммуны во главе с С. Г. Шаумяном. Нарком по военно-морским делам Бакинского Совнаркома был назначен Г. Н. Корганов (Корганян). Каспийский наркомвоенмор родился в Тифлисе, окончил Московский университет, воевал прапорщиком на Кавказском фронте, состоял в партии большевиков. С декабря 1917 года председатель ВРК Кавказской армии, с марта 1918 года член Комитета революционной обороны Баку и с апреля 1918 года нарком по военно-морским делам. Не будучи сам моряком, в военно-морских делах он разбирался слабо и авторитетом среди офицеров и матросов флотилии, разумеется, не пользовался.
В апреле 1918 года, после очередных перевыборов, в новом составе Центрокаспия из 12 членов пятеро являлись большевиками, во главе с председателем Центрокаспия матросом-большевиком А. Р. Кузьминским. Остальные семь матросов являлись левыми эсерами и анархистами.
В целом, несмотря